免疫沉淀质谱分析

免疫沉淀质谱分析（Immunoprecipitation Mass Spectrometry, IP-MS）是一种结合了免疫沉淀（IP）技术和质谱分析（MS）的方法，用于研究蛋白质相互作用、蛋白质复合体的组成及其动态变化。此技术利用特异性抗体捕获目标蛋白质及其潜在的相互作用伙伴，然后通过质谱分析鉴定这些蛋白质，为深入理解蛋白质功能和蛋白质网络提供了强有力的工具。

一、实验流程

1.样品准备：从细胞或组织中提取蛋白质样品。

2.免疫沉淀：利用特异性抗体与固相载体（如磁珠或琼脂糖珠）结合，捕获目标蛋白质及其相互作用伙伴。

3.洗涤：去除非特异性结合的蛋白质和其他杂质。

4.蛋白质消化：将沉淀下来的蛋白质复合物用蛋白酶（通常是胰蛋白酶）消化成肽段。

5.质谱分析：利用液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS）分析消化后的肽段，鉴定蛋白质组成。

6.数据分析：通过专门的软件和数据库匹配，分析质谱数据，鉴定目标蛋白质和潜在的相互作用伙伴。

二、应用

蛋白质-蛋白质相互作用：鉴定特定蛋白质与其他蛋白质的直接或间接相互作用。

蛋白质复合体分析：解析蛋白质复合体的组成和结构。

翻译后修饰研究：通过鉴定修饰的肽段，研究蛋白质的磷酸化、泛素化等翻译后修饰。

生物标志物发现：寻找与疾病相关的蛋白质或蛋白质组成的变化。