体外下拉实验和免疫共沉淀结合

体外下拉实验和免疫共沉淀结合使用可作为验证体内外蛋白质间接或直接相互作用的强有力方法，两者都是利用亲和配体来捕获互作蛋白，也可分开单独作为研究蛋白质相互作用的方法。

免疫共沉淀实验，即Co-IP实验，是以抗体与抗原之间的专一性作用为基础来研究蛋白质相互作用的经典方法, 也是确定2种蛋白在完整细胞内生理性相互作用的有效方法。这种方法常用于测定2种目的蛋白是否在体内结合；也可用于确定1种特定蛋白的新互作蛋白。蛋白质之间的天然相互作用得以最大程度的保留，因此可以比较真实的反应蛋白质之间的相互作用，可分离得到天然状态下相互作用的蛋白复合物。其存在的缺陷是可能检测不到低亲和力蛋白与蛋白之间的瞬时相互作用，也不能说明两种蛋白可能不是直接结合。此时，为了弥补这个缺陷，可通过体外Pull-down实验利用一个纯化且含有标签的蛋白作为诱饵来结合互作蛋白进行检测，可用于Co-IP实验之前预测目的蛋白或Co-IP之后在体外环境下验证两种蛋白之间的直接作用关系。

体外下拉实验，即Pull-down实验，是一种行之有效的验证酵母双杂交系统的体外试验技术。通过Pull-down实验可以用于鉴定能与已知融合蛋白相互作用的未知蛋白质，以及2个已知蛋白质之间是否存在相互作用，但Pull-down的结果并不能真实地反应蛋白质之间的相互作用。即不意味着在生理条件下一定能结合，因为在活体内它们在亚细胞空间上不一定能相遇。需要结合Co-IP实验采用固定的抗体捕获互作蛋白，在体内生理条件下证明相互作用蛋白在亚细胞空间上的结合。

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