体外结合实验与免疫沉淀的区别

蛋白质体外结合实验（即Pull-down实验）和免疫沉淀（Immunoprecipitation，IP）是研究蛋白质相互作用的两种方法，两者存在一定区别又可互为验证试验。

免疫共沉淀实验（Co-Immunoprecipitation，Co-IP）与IP实验一样，两者均是以抗体和抗原之间的专一性作用为基础的用于研究蛋白质相互作用的经典方法。其原理是：当细胞在非变性条件下裂解时，体内存在的蛋白质利用抗体与抗原之间的亲和性将互作蛋白保留下来。由于Co-IP在非变性实验条件性进行，蛋白质之间的天然相互作用得以最大程度的保留，因此可以比较真实的反应蛋白质之间的相互作用，但这种相互作用并不能确定是直接的或是间接的。

蛋白质体外结合实验，即Pull-down实验，是一种行之有效的验证酵母双杂交系统的体外试验技术。在Pull-down实验中，常用谷胱甘肽巯基转移酶（GST）融合蛋白Pull-down的方法来鉴定能与已知融合蛋白相互作用的未知蛋白质，也可以鉴定两个已知蛋白质之间是否存在相互作用。但Pull-down的结果并不能真实的反应蛋白质之间的相互作用, 因为在活体内它们不一定在亚细胞空间上能碰到, 所以并不意味着在生理条件下一定结合。

Pull-down与Co-IP的原理是类似的, 都是利用亲和配体来捕获互作蛋白。不同的是，Pull-down是利用一个纯化且含有标签的蛋白作为诱饵来结合互作蛋白，一般用来证明蛋白之间直接的相互作用；而Co-IP则采用固定的抗体捕获互作蛋白，用来证明2个蛋白之间的相互作用，但不排除通过第3个蛋白介导的间接相互作用。

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