生信分析FAQ汇总

• • kegg 结果如何实现可视化？

  使用 KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）进行分析时，可以通过多种方式将结果可视化，比如： 1.KEGG Mapper： KEGG Mapper是一个在线工具，可以将基因、代谢物或其他生物学实体的KEGG注释结果可视化为KEGG通路图。

• • 各位大佬，怎么用kegg数据库查找某一个微生物菌的代谢途径呀，没用过，怎么查找，有知道的不，谢谢？

  使用 KEGG 数据库查找某一个微生物菌的代谢途径时，可以按照以下步骤进行： 1.打开 KEGG 数据库的网站（https://www.kegg.jp/）。 2.在网站的搜索栏中输入你要查找的微生物菌的名称或者 KEGG ID。如果你不知道微生物菌的名称，可以尝试输入其属名或者其他相关信息

• • 在做KEGG富集分析时，对照组或处理组的fpkm值是0的情况下是怎样处理log2foldchange？

  当进行KEGG富集分析时，如果对照组或处理组的fpkm值为0，可以通过以下方法处理log2foldchange： 1.加入一个小的常数值： 在计算log2foldchange之前，可以为所有的fpkm值加上一个小的常数值，例如0.1或0.01。这样可以避免出现log2(0)的情况，同时保持

• • 使用DEseq2进行转录组差异表达分析，实验组和对照组样本数量必须相同吗？

  使用DEseq2进行转录组差异表达分析时，实验组和对照组样本数量并不一定要相同。DEseq2基于负二项分布模型来估计基因表达的离散性，并使用负二项分布模型来进行差异表达分析。 DEseq2对于实验组和对照组样本数量的要求并不严格。实际上，DEseq2可以处理不同条件下的不同样本数量。在DE

• • 求问，蛋白组学挑选差异通路和蛋白的时候应该怎么选？是根据通路找蛋白还是根据蛋白找通路？GO怎么分析？

  在选择差异通路和蛋白时，我们可以根据通路找蛋白，也可以根据蛋白找通路。同时，我们可以使用Gene Ontology（GO）进行分析。下面我将逐步解答你的问题。 一、根据通路找蛋白还是根据蛋白找通路？ 1.根据通路找蛋白： 当我们已经知道某个通路在特定条件下发生了变化，我们可以通过蛋白组学

• • 蛋白组学中用Uniport注释蛋白功能和将蛋白id转化为基因id后进行GOKEGG富集分析有区别吗？

  使用蛋白ID进行GO/KEGG富集分析和将蛋白ID转化为基因ID进行分析可能会得到相似的结果，但还是有些许差异： UniProt主要关注单个蛋白质的详细注释，而GO/KEGG富集分析关注的是基因或蛋白质列表中的整体功能趋势或富集模式。 当你需要了解单个蛋白质的信息时，可以使用UniProt

• • 请问有人会用质谱分析软件AxION eCipher吗？

  AxION eCipher是一款由SCIEX公司开发的质谱分析软件，专门用于处理和解析质谱数据。它提供了一系列功能和工具，帮助用户进行质谱数据的处理、分析和解释。 在开始使用AxION eCipher之前，你需要确保已经安装了该软件，并且具备相应的许可证。安装过程可以参考SCIEX官方网站

• • 怎么简单的做Go注释分析？

  要简单地进行GO（Gene Ontology）注释分析，你可以遵循以下步骤： 1.准备你的基因列表： 首先，你需要一个你感兴趣的基因列表，例如，来自转录组测序的差异表达基因列表。 2.选择一个在线工具： 有多个在线工具可以简单地进行GO注释和富集分析。以下是一些常用的工具： DAVID

• • GO功能注释分析图?横纵坐标代表什么？ 以及黑色圆圈，以及图中的红色柱形图是什么？

  GO功能注释分析图是一种常用的生物信息学工具，用于对基因或蛋白质的功能进行注释和分析。下面是对你提出的问题的详细解答： 一、横纵坐标代表什么？ 1.横坐标： 横坐标通常代表不同的GO功能术语或分类。GO（Gene Ontology）是一种用于描述基因和蛋白质功能的标准化分类系统，包括三个

• • 可以用蛋白质组学数据对细胞亚型进行注释吗？

  可以的。蛋白质组学数据，尤其是来自单细胞蛋白质组学的数据，可以被用来注释细胞的亚型。但与单细胞转录组学相比，单细胞蛋白质组学在技术上面临更多的挑战，并且相对来说是一个较新的领域。 以下是如何使用蛋白质组学数据对细胞亚型进行注释的一般策略： 1.蛋白质表达谱聚类： 使用蛋白质表达数据，可以