生信分析FAQ汇总

• • 求问，蛋白组学挑选差异通路和蛋白的时候应该怎么选？是根据通路找蛋白还是根据蛋白找通路？GO怎么分析？

  在选择差异通路和蛋白时，我们可以根据通路找蛋白，也可以根据蛋白找通路。同时，我们可以使用Gene Ontology（GO）进行分析。下面我将逐步解答你的问题。 一、根据通路找蛋白还是根据蛋白找通路？ 1.根据通路找蛋白： 当我们已经知道某个通路在特定条件下发生了变化，我们可以通过蛋白组学

• • 蛋白组学中用Uniport注释蛋白功能和将蛋白id转化为基因id后进行GOKEGG富集分析有区别吗？

  使用蛋白ID进行GO/KEGG富集分析和将蛋白ID转化为基因ID进行分析可能会得到相似的结果，但还是有些许差异： UniProt主要关注单个蛋白质的详细注释，而GO/KEGG富集分析关注的是基因或蛋白质列表中的整体功能趋势或富集模式。 当你需要了解单个蛋白质的信息时，可以使用UniProt

• • 请问有人会用质谱分析软件AxION eCipher吗？

  AxION eCipher是一款由SCIEX公司开发的质谱分析软件，专门用于处理和解析质谱数据。它提供了一系列功能和工具，帮助用户进行质谱数据的处理、分析和解释。 在开始使用AxION eCipher之前，你需要确保已经安装了该软件，并且具备相应的许可证。安装过程可以参考SCIEX官方网站

• • 怎么简单的做Go注释分析？

  要简单地进行GO（Gene Ontology）注释分析，你可以遵循以下步骤： 1.准备你的基因列表： 首先，你需要一个你感兴趣的基因列表，例如，来自转录组测序的差异表达基因列表。 2.选择一个在线工具： 有多个在线工具可以简单地进行GO注释和富集分析。以下是一些常用的工具： DAVID

• • GO功能注释分析图?横纵坐标代表什么？ 以及黑色圆圈，以及图中的红色柱形图是什么？

  GO功能注释分析图是一种常用的生物信息学工具，用于对基因或蛋白质的功能进行注释和分析。下面是对你提出的问题的详细解答： 一、横纵坐标代表什么？ 1.横坐标： 横坐标通常代表不同的GO功能术语或分类。GO（Gene Ontology）是一种用于描述基因和蛋白质功能的标准化分类系统，包括三个

• • 可以用蛋白质组学数据对细胞亚型进行注释吗？

  可以的。蛋白质组学数据，尤其是来自单细胞蛋白质组学的数据，可以被用来注释细胞的亚型。但与单细胞转录组学相比，单细胞蛋白质组学在技术上面临更多的挑战，并且相对来说是一个较新的领域。 以下是如何使用蛋白质组学数据对细胞亚型进行注释的一般策略： 1.蛋白质表达谱聚类： 使用蛋白质表达数据，可以

• • Maxquant解析蛋白质质谱raw文件后，combine里没有txt可用的文件是怎么回事呐？

  当使用MaxQuant软件解析蛋白质质谱原始数据（raw文件）后，有时候在combine步骤中可能会出现没有可用的txt文件的情况。这可能是由以下几个原因导致的： 1.数据处理错误： 首先，需要检查数据处理的过程是否出现了错误。在MaxQuant软件中，数据处理包括多个步骤，如鉴定、定量和

• • 有没有大神会生物信息的GO、KEGG以及COG图的分析呀，它们表格怎么看？

  一、GO (Gene Ontology) 分析： 1.条形图： Y轴：通常列出GO术语。如果有大量的术语，通常只会展示前几个最显著的。 X轴：通常表示-log(p-value)或与每个术语相关联的基因数量。-log(p-value)越大，显著性越高。 2.气泡图： X轴：通常是-l

• • 求助各位大佬，主成分分析法后自变量过多，做不了回归分析怎么办 ?

  当主成分分析法得出的主成分数量较多，导致自变量过多而无法进行回归分析时，可以考虑特征选择、岭回归或LASSO回归、主成分回归或偏最小二乘回归以及数据降维技术等解决方法。

• • 请教一下，主成分分析中，不用R语言怎么画出这种带外围边界的散点图？

  学习如何使用Matplotlib库在主成分分析中绘制散点图来可视化数据在主成分空间中的分布情况。当进行主成分分析（Principal Component Analysis，PCA）时，通常我们会使用散点图来可视化数据在主成分空间中的分布情况。如果你不想使用R语言，也可以使用其他工具或软件来绘