生信分析FAQ汇总

• • 主成分分析，因子分析是应用于总体数据还是样本数据？

  主成分分析（Principal Component Analysis，PCA）和因子分析（Factor Analysis）是常用的多变量数据分析方法，它们都可以应用于总体数据或样本数据。具体应用的选择取决于研究的目的和数据的性质。 在总体数据分析中，它们可以提供总体水平上的信息和关系；在样

• • kegg 结果怎么分析？

  KEGG分析后，你会得到一个表格和通路图： 1.KEGG通路表格基本信息： Pathway Name: 该列显示通路的名称，即通路描述。 Pathway ID: 该列为每个通路提供一个独特的标识符，例如hsa04110（代表人类细胞周期通路）。 p-value: 这是统计测试的结果，表示

• • KEGG图如何分析？

  KEGG图是基因组、代谢组和信号传导网络的可视化表示。它由节点和边组成，节点代表基因、化合物或反应，边代表它们之间的关系。 1.解读KEGG图的节点： 节点可以是基因、代谢物或反应。了解节点的含义和功能是分析KEGG图的关键。 对于基因节点，可以查找其注释信息，了解其命名、功能和调控机制

• • 求助怎么在kegg上面找某一物种的代谢通路，我找不见？

  在KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）上找某一物种的代谢通路可以按照以下步骤进行： 1.打开KEGG网站（https://www.kegg.jp/）并选择"Pathway"选项卡。 2.在搜索框中输入你感兴趣的物种名称，比如人类（Hom

• • KEGG 数据库怎样进行通路分析？

  当进行通路分析时，KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）数据库是一个非常有用的工具。KEGG数据库提供了丰富的生物信息学资源，包括基因、蛋白质、代谢物等的注释和分类信息，以及各种生物通路的详细描述和图示。下面是关于如何使用KEGG数据库进行

• • kegg 结果如何实现可视化？

  使用 KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）进行分析时，可以通过多种方式将结果可视化，比如： 1.KEGG Mapper： KEGG Mapper是一个在线工具，可以将基因、代谢物或其他生物学实体的KEGG注释结果可视化为KEGG通路图。

• • 各位大佬，怎么用kegg数据库查找某一个微生物菌的代谢途径呀，没用过，怎么查找，有知道的不，谢谢？

  使用 KEGG 数据库查找某一个微生物菌的代谢途径时，可以按照以下步骤进行： 1.打开 KEGG 数据库的网站（https://www.kegg.jp/）。 2.在网站的搜索栏中输入你要查找的微生物菌的名称或者 KEGG ID。如果你不知道微生物菌的名称，可以尝试输入其属名或者其他相关信息

• • 在做KEGG富集分析时，对照组或处理组的fpkm值是0的情况下是怎样处理log2foldchange？

  当进行KEGG富集分析时，如果对照组或处理组的fpkm值为0，可以通过以下方法处理log2foldchange： 1.加入一个小的常数值： 在计算log2foldchange之前，可以为所有的fpkm值加上一个小的常数值，例如0.1或0.01。这样可以避免出现log2(0)的情况，同时保持

• • 使用DEseq2进行转录组差异表达分析，实验组和对照组样本数量必须相同吗？

  使用DEseq2进行转录组差异表达分析时，实验组和对照组样本数量并不一定要相同。DEseq2基于负二项分布模型来估计基因表达的离散性，并使用负二项分布模型来进行差异表达分析。 DEseq2对于实验组和对照组样本数量的要求并不严格。实际上，DEseq2可以处理不同条件下的不同样本数量。在DE

• • 求问，蛋白组学挑选差异通路和蛋白的时候应该怎么选？是根据通路找蛋白还是根据蛋白找通路？GO怎么分析？

  在选择差异通路和蛋白时，我们可以根据通路找蛋白，也可以根据蛋白找通路。同时，我们可以使用Gene Ontology（GO）进行分析。下面我将逐步解答你的问题。 一、根据通路找蛋白还是根据蛋白找通路？ 1.根据通路找蛋白： 当我们已经知道某个通路在特定条件下发生了变化，我们可以通过蛋白组学