无标记磷酸化

蛋白质磷酸化是一种重要的翻译后修饰（PTM），它动态可逆地调控细胞中几乎任意一个生物学过程。伴随着基于质谱的蛋白质组学技术和磷酸化多肽富集方法以及高通量定量技术的不断发展，磷酸化蛋白组学已经成为目前最为成熟的PTM研究方向。

无标记磷酸化是利用无标记定量方法对具有磷酸化修饰的蛋白质肽段进行相对定量分析，以下将对两种常用的无标记磷酸化检测技术进行简单概述。

传统非标记定量（Label Free Quantitation，LFQ）：基于数据依赖采集模式（Data Dependent Acquisition，DDA）进行数据采集。LFQ具有操作简单、样品损失少、单词实验定量蛋白数量更多等优点。由于LFQ定量严重依赖质谱仪的稳定性，需要依据一级质谱的谱峰强度或峰面积，因此LFQ检测出来的数据质量是关键。LFQ数据采集过程中常采用的是数据依赖采集模式，其具有一定的半随机性，这使得磷酸化蛋白质组学在大量样本中系统的、重复的分析磷酸化位点具有一定的挑战性。

DIA（Data Independent Acquisition）：基于数据非依赖采集模式进行数据采集。DIA数据采集窗口和范围更宽，检测出来的谱图和数据量更为复杂，想要在大量的谱图数据中正确定位磷酸化位点，对谱图处理能力和数据分析能力具有更高的要求。DIA鉴定数量多于数据依赖采集模式DDA，且重现性更好。DIA定量到的肽段随浓度增加，整体也成正比例增加，精度更好。DIA和DDA错误率相当，但DIA位点覆盖率、灵敏度和动态范围优于DDA。

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