散弹枪法和靶向蛋白质组学的比较分析
-
发现阶段：支持Shotgun + DIA数据获取
-
验证阶段：定制MRM/PRM靶点设计与方法开发
-
定量阶段：SIS肽合成与绝对定量
-
数据分析：支持网络分析、通路富集、可视化展示
在现代蛋白质组学研究中，如何选择适当的质谱策略，直接影响数据的深度、准确性以及研究成果的可转化潜力。研究初期通常需要开展广覆盖的探索性分析，此时可选用发现型蛋白质组学（Discovery Proteomics，又称“散弹枪法”）；而在候选靶点筛选完成后，研究重点将转向高特异性、高重复性的验证阶段，靶向蛋白质组学（Targeted Proteomics）便成为首选技术路径。本文将从技术原理、数据特征、适用场景及优劣比较等方面，系统对比这两种策略，并介绍百泰派克生物科技如何协助科研人员高效整合二者，提升整体研究效率与成果转化率。
一、原理差异：探索式 vs 验证式
1、散弹枪法Shotgun Proteomics：大规模无偏探索
散弹枪法（Shotgun Proteomics）也称发现型蛋白质组学（Discovery Proteomics），主要采用数据依赖采集（DDA）策略。利用LC-MS/MS系统对样本中所有可检测肽段进行随机采集和数据库匹配。强调覆盖度与蛋白识别数量，适合未知机制的初筛探索。
2、靶向蛋白质组学：精准定量的“狙击手”
采用MRM或PRM方式，仅检测预设的特定肽段。样本中所有信息被忽略，质谱仅关注“感兴趣目标”。数据可重复、定量稳定，适合验证候选标志物或疾病靶点。
二、比较分析：一张表看懂两大策略差异
三、应用场景：不是替代，而是互补
1、散弹枪法的典型应用
（1）大规模筛选疾病相关差异蛋白（如肿瘤 vs 正常组织）
（2）研究生物通路、蛋白互作网络
（3）快速生成新假设，识别潜在生物标志物
2、靶向蛋白质组学的典型应用
（1）验证候选蛋白在独立样本中的表达趋势
（2）建立伴随诊断模型，支持临床决策
（3）实现关键蛋白的绝对定量，用于药效评价
百泰派克生物科技整合解决方案：让技术更贴近研究目标
百泰派克生物科技整合多种质谱策略，帮助科研人员根据项目需求灵活选择：
我们不仅提供平台，更提供“策略+分析+转化”的一站式服务。Shotgun和靶向蛋白质组学并非二选一，而是一个连续的研究闭环：从全面扫描，到精准锁定，再到临床可转化。关键在于，研究者如何在正确的时间节点，选择合适的技术策略。
百泰派克生物科技——生物制品表征，多组学生物质谱检测优质服务商
相关服务：
How to order?
