靶向蛋白质组学和非靶向蛋白质组学有什么区别？

靶向蛋白质组学（Targeted Proteomics）和非靶向蛋白质组学（Untargeted Proteomics）是两种常见但用途截然不同的蛋白质组学研究策略。它们在研究目标、方法选择、数据产出和适用场景上存在显著差异。了解这两者的区别，对于科研人员合理设计实验、解读数据以及选择合适的技术平台具有重要意义。

 

一、研究目标不同：定量精度 vs 全面探索

✅ 非靶向蛋白质组学：全面扫描，探索为主

非靶向蛋白质组学，又称发现型蛋白质组学（Discovery Proteomics），其主要目标是在不预设目标的情况下，尽可能全面地鉴定和定量样本中的蛋白质。通常使用的数据采集方式是数据依赖采集（Data-Dependent Acquisition, DDA）或数据独立采集（Data-Independent Acquisition, DIA）。

这种方法特别适用于：

• 生物标志物发现

• 疾病机制研究

• 生物系统的初步探索

 

✅ 靶向蛋白质组学：精确检测，验证为主

靶向蛋白质组学则是在前期研究基础上，选定特定蛋白质/肽段，进行高灵敏度、高重复性的定量检测。常用的数据采集方式包括多反应监测（Multiple Reaction Monitoring, MRM）或并行反应监测（Parallel Reaction Monitoring, PRM）。

这种方法常用于：

• 生物标志物验证

• 临床检测方法开发

• 药效学/毒理学研究中的特定靶点监测

 

二、实验设计差异：开放性 vs 高度定制

 



 

三、数据输出形式：数量 vs 精度

• 非靶向蛋白组：输出的是上千个蛋白的鉴定和定量信息，可以构建蛋白质表达谱、通路富集、聚类分析等。

• 靶向蛋白组：输出的是几十到上百个特定蛋白的精准丰度数据，更适合构建定量模型、受控条件下比较等。

例如，在癌症标志物开发中，非靶向用于发现候选蛋白，靶向则用于进一步验证这些候选标志物在大样本中的表达差异。

 

四、应用场景

 



 

目前，越来越多研究采用“非靶向发现 + 靶向验证”的组合策略，将两者的优势互补，提升研究深度与可信度。

 

靶向蛋白质组学和非靶向蛋白质组学并非孰优孰劣的关系，而是探索—验证—应用链条中的关键环节。科学研究往往始于非靶向的大范围扫描，最终落地于靶向的精确验证。二者联用，方能构建真正可靠的蛋白质组研究体系。百泰派克生物科技采用高通量质谱平台提供靶向蛋白质组学分析服务，包括MRM和PRM定量蛋白组学分析，以及绝对定量分析，欢迎联系我们获取定制化技术咨询和服务方案。

 

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