靶向蛋白质组学工作流程

在现代蛋白质组学研究中，靶向蛋白质组学（Targeted Proteomics）因其卓越的定量性能和高重复性，成为生物标志物验证、药物作用机制研究和临床伴随诊断等领域的关键技术手段。与发现型蛋白质组学侧重“广度探索”不同，靶向蛋白质组学强调“深度验证”和“精确定量”，对实验流程的规范性和技术平台的性能提出了更高要求。本文将围绕靶向蛋白质组学的六大核心流程步骤，结合实际应用，帮助科研人员更高效地规划和执行靶向蛋白组项目。

 

一、靶点蛋白与肽段的筛选设计

✅ 目的：明确检测目标，确保特异性与代表性

· 依据前期数据或文献确定感兴趣的蛋白靶点

· 利用数据库（如UniProt、PeptideAtlas）筛选独特肽段

· 考虑肽段的酶切效率、修饰位点、物化性质

 

二、内标肽合成

✅ 目的：提高定量准确性，进行绝对定量

· 合成带稳定同位素标记的肽段（如^13C/^15N）

· 与样本中的目标肽共洗脱、共离子化

· 用于校正信号波动，提升批间数据一致性

 

三、样本前处理与酶解

✅ 目的：获得高质量、可重现的肽段混合物

· 样本裂解（适应不同组织、细胞、血液样本）

· 蛋白定量 + 标准化加样

· 胰蛋白酶酶解 + 脱盐净化

 

四、质谱方法开发（MRM/PRM）

✅ 目的：建立稳定可重复的靶点检测方法

· 选择三重四极杆或Orbitrap平台

· 针对每个肽段优化碎裂电压、保留时间窗口、离子对

· 控制背景干扰，提高信噪比

 

五、LC-MS/MS检测与质控

✅ 目的：高灵敏度检测目标肽段，确保数据稳定

· 精准控制进样体积与保留时间

· 设置QC样本和Pool样本交叉检测

· 实施质控指标监测（CV值、内标漂移等）

 

六、数据分析与结果报告

✅ 目的：从原始数据到可解释的生物学信息

· 使用 Skyline / SpectroDive 进行峰识别与积分

· 结合内标进行归一化与绝对定量

· 提供统计分析、差异显著性评估、可视化图表

 

靶向蛋白质组学的工作流程每一步都影响数据质量和后续分析解读。从靶点选择到方法建立，再到样本处理和数据分析，任何一处不规范都可能造成定量误差甚至结果偏差。百泰派克生物科技采用高通量质谱平台提供靶向蛋白质组学分析服务，包括MRM和PRM定量蛋白组学分析，以及绝对定量分析。

 

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