SWATH-MS vs DDA-MS：哪种技术适合你的研究？

在蛋白组学研究中，选择合适的质谱采集方式是获得高质量数据的关键。目前，SWATH-MS（Sequential Window Acquisition of all Theoretical fragment ion spectra）与DDA-MS（Data-Dependent Acquisition）是两种主流的数据采集技术，各具优势。对于科研人员而言，理解这两种方法的原理、适用场景和技术局限，将有助于制定更合理的实验策略。

 

一、什么是DDA-MS？

DDA（Data-Dependent Acquisition）是目前应用最广泛的质谱采集策略之一。其工作原理是：质谱仪在一次MS1扫描后，根据预设的强度阈值，选择最强的若干前体离子进行MS/MS碎裂分析。

✅ 优势：

• 高质量MS/MS谱图：针对高丰度离子，能够获得高分辨率、高信噪比的碎片谱。

• 成熟的数据库搜索工具：如Mascot、SEQUEST、MaxQuant等支持广泛。

• 适合新蛋白鉴定：尤其在探索性研究中表现优异。

 

⚠️ 局限：

• 采集偏倚：易忽略低丰度蛋白或复杂样本中的次要离子。

• 重复性差：由于每次采集选择的前体离子不同，生物重复间可比性较差。

• 数据缺失严重：导致蛋白定量不完整，影响下游分析的稳健性。

 

二、什么是SWATH-MS？

SWATH-MS是基于DIA（Data-Independent Acquisition）策略的一种数据采集方法，它将m/z范围划分为连续的窗口（通常为20–25 Da），对每个窗口内所有离子同时进行碎裂和记录。

✅ 优势：

• 高度重现性：全扫描方式使每次运行的数据一致，利于跨组学比较。

• 全面覆盖低丰度蛋白：不受离子强度选择限制，提高检出率。

• 适合大规模定量研究：如生物标志物筛选、多批次样本分析。

 

⚠️ 局限：

• 谱图重叠严重：碎片离子来源复杂，解析难度高。

• 对光谱库依赖强：需要高质量、完整的参考光谱库支持分析。

• 前期方法建立复杂：涉及窗口设置、标准品选择等多个步骤。

 

三、样本类型与研究目标：你该如何选择？

1、探索性 vs 验证性研究

• 若目标是发现新的蛋白或通路，建议优先选择DDA-MS，其对新蛋白具有更强的鉴定能力。

• 若是针对已知蛋白进行大规模、重复性强的定量分析，如候选生物标志物验证，则SWATH-MS更具优势。

 

2、 样本复杂度

• 对于复杂度较低的样本（如纯化蛋白、细胞系），DDA足以应对；

• 而对于组织样本、体液、微量起始材料，SWATH能提供更全面的定量覆盖。

 

3、预算与时间因素

• DDA方法分析周期短、上手快；

• SWATH需前期建立光谱库，但一旦建成，可批量处理大量样本，适合长期项目。

 

※ 总结：选择技术，关键看“匹配度”

 



 

无论你正在进行基础研究还是转化医学项目，选择合适的采集模式都至关重要。SWATH-MS的高通量与重复性优势，正在逐步成为标准化蛋白质定量的主流趋势；而DDA-MS则仍是不可替代的探索性工具。最佳策略，往往是将二者结合使用：前期DDA建立光谱库，后期用SWATH进行大规模定量。百泰派克生物科技提供SWATH定量蛋白组学一站式解决方案，如需深入了解蛋白组学项目设计，欢迎联系我们获取免费的项目咨询与技术建议。

 

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