SILAC-MS-IP

免疫共沉淀（Co-IP）是以抗体和抗原之间的专一性作用为基础的用于研究蛋白质相互作用的经典方法，用于确定两种蛋白质在完整细胞内生理性相互作用。其原理是：当细胞在非变性条件下被裂解时，完整细胞内存在的许多蛋白质-蛋白质间的相互作用被保留了下来。这种方法常用于测定两种目标蛋白质是否在体内结合，也可用于确定一种特定蛋白质的新的作用搭档。Co-IP与质谱（MS）可以对整个蛋白复合物进行富集，进而鉴定这个蛋白复合物中的其他成分。

SILAC（Stable Isotope Labeling with Amino acids in Cell culture）技术即细胞培养条件下稳定同位素标记技术，采用含有轻、重同位素型必需氨基酸（主要是Lys和Arg）的培养基进行细胞培养，细胞传代若干代后（一般培养5-6代），细胞内蛋白被同位素稳定标记，将蛋白质等量混合后进行分离和质谱鉴定，根据比较一级质谱图中两个同位素型肽段的面积进行相对定量。同时将SILAC与Co-IP技术联合使用，能进行蛋白质相互作用、蛋白质翻译后修饰等定量分析，快速筛选特异性的相互作用和翻译后修饰的相对程度。

SILAC-MS-IP是将SILAC、质谱与Co-IP技术相结合，借助SILAC引入质量差异，利用Co-IP纯化蛋白质复合物，后续在LC-MS质谱分析时，借助引入的质量标签实现对蛋白质的定量分析。从而直接将真正的特异性相互作用从非特异性的背景蛋白中区分出来。

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