蛋白质定量分析方法：iTRAQ、SILAC、Label-Free与AQUA的比较
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可实现4或8个样本的同时定量（取决于iTRAQ试剂套装）
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数据重现性好，适合大规模样本研究
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适用于复杂生物样本，如组织、体液
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标记成本高，实验操作复杂
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容易产生比值压缩效应（ratio compression），影响定量准确性
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需搭配高分辨率质谱平台（如Orbitrap、Q-TOF）
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标记效率高，避免样本间变异
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贴近生理条件，无需化学标记
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数据准确性好，适合动态研究
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仅适用于可培养细胞体系
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成本较高，对实验室条件要求高
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样本通量有限，最多三种标记（轻、中、重）
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成本低、操作简便，无需额外标记试剂
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样本通量无限，适合探索性研究
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可适配多种质谱平台
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对质谱平台的稳定性要求高
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定量精度相对标签法略低
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数据分析复杂度高，需专业算法支持
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可实现精确的绝对定量
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高特异性，适合验证阶段
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适用于低丰度蛋白或生物标志物的检测
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需定制同位素肽段，成本高
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目标蛋白数目受限
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不适合高通量筛选
在现代生命科学研究中，蛋白质定量分析是揭示生物过程机制、筛选疾病标志物、解析药物作用路径等研究的关键工具。相较于传统蛋白表达检测方法（如Western blot、ELISA等），基于质谱的定量蛋白组学技术具有通量高、灵敏度强、样本并行性好等优势，已成为蛋白质组学研究的核心手段。
当前主流的蛋白质定量策略可分为四大类：iTRAQ、SILAC、Label-Free 与 AQUA。每种方法均具备独特的技术原理和应用适应性。本文将系统对比这四类方法的原理、优势与局限，为科研人员选择合适的策略提供参考。
一、iTRAQ：基于标记的高通量定量策略
📌技术原理
iTRAQ（Isobaric Tags for Relative and Absolute Quantitation）是一种同位素标签技术，通过将稳定同位素标记的试剂与肽段上的氨基结合，实现样本间的定量比较。每种iTRAQ标签在质谱一级（MS1）显示相同质量，在MS2中通过释放出特征报告离子实现多重样本定量。
📌优势
📌局限性
📌应用场景
适合需要高通量并行对比的研究，如疾病组学研究、药效学分析等。
二、SILAC：细胞水平的同位素标记技术
📌技术原理
SILAC（Stable Isotope Labeling by Amino acids in Cell culture）通过在细胞培养过程中引入含重氮或重碳的“轻/重”氨基酸，使蛋白在表达阶段即完成标签标记。标记后的样本可直接进行LC-MS/MS分析，对比不同处理条件下的表达差异。
📌优势
📌局限性
📌应用场景
适合研究细胞内信号通路、药物干预机制等机制研究型课题。
三、Label-Free：不依赖标签的简便策略
📌技术原理
Label-Free Quantification（LFQ）依赖于肽段的离子强度（peak intensity）或谱图数（spectral count），通过对样本中每个蛋白的信号进行相对定量，适用于无限量样本。
📌优势
📌局限性
📌应用场景
Label-Free特别适合早期探索性研究、样本量较大的临床样本筛选等。
四、AQUA：绝对定量的黄金标准
📌技术原理
AQUA（Absolute QUAntification）采用已知浓度的稳定同位素合成肽作为内标，加入待测样本中进行LC-MS/MS分析，通过标准曲线计算出目标蛋白的绝对含量。
📌优势
📌局限性
📌应用场景
AQUA常用于生物标志物验证、临床检测方法开发。
五、技术对比总结
百泰派克生物科技致力于提供高质量的定量蛋白组分析服务，依托先进的质谱平台与经验丰富的分析团队，我们可为客户量身定制最优实验流程，并提供高质量的数据挖掘与结果解读。
百泰派克生物科技——生物制品表征，多组学生物质谱检测优质服务商
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