如何利用LC-MS/MS进行高通量肽组学分析？
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使用如 PEAKS、MaxQuant、Spectronaut 等工具进行肽段匹配
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可接入UniProt、Swiss-Prot、RefSeq 等数据库
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支持定制搜索非典型起始肽、修饰肽、剪接肽段
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Label-free、iTRAQ、TMT 等定量方式可选择
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差异肽段筛选：fold change + P 值 + FDR（假发现率）控制
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GO富集、KEGG通路映射、蛋白-肽段反向追踪
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可构建“肽段-母体蛋白-功能通路”三级网络
肽组学（Peptidomics）是研究生物样本中天然存在的内源性肽段（通常小于10 kDa）的科学领域。这些肽段广泛参与神经调节、免疫应答、激素信号、代谢控制等生理活动，具有重要的功能性和潜在标志物价值。相比蛋白组学，肽组学更贴近蛋白质实际裂解、加工和翻译后修饰的状态，能敏锐反映生物系统的动态调控。但由于肽段短、丰度低、异构多，研究难度较高。
为克服这些挑战，液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS）成为高通量肽组学分析中最关键的技术平台。它不仅能精准识别肽段序列，还可实现高通量、广覆盖、多样本并行的表达差异分析。
一、LC-MS/MS在高通量肽组学分析中的角色定位
1、什么是LC-MS/MS？
（1）LC（Liquid Chromatography）：将复杂肽段混合物分离，按亲水性/疏水性顺序进入质谱，提高识别率
（2）MS（Mass Spectrometry）：测定肽段的质量（m/z），初步判断其分子量
（3）MS/MS（Tandem MS）：将目标肽段碎裂，再次检测其碎片模式，从而推断氨基酸序列
在肽组学中，LC-MS/MS技术实现了从复杂生物样本中分离、识别、定量内源肽段的全过程。
二、高通量肽组学分析完整流程解析
1、样本收集与肽段富集
内源性肽段广泛存在于以下样本中：
（1）血清 / 血浆
（2）尿液
（3）脑脊液
（4）组织匀浆
（5）细胞上清或裂解液
富集方法：
百泰派克采用多策略组合富集方案，提升短肽、多肽修饰种类的捕获效率。
2、液相色谱分离（LC）
内源性肽段种类繁多，保留行为复杂，LC阶段主要任务是在进入质谱前按理化性质将肽段分离，提高鉴定深度。
（1）使用纳升流量nanoLC系统（如EASY-nLC 1200）提高灵敏度
（2）常用C18反相色谱柱，缓冲体系为水-乙腈梯度洗脱
（3）分离时间通常为60–120分钟，以平衡通量与深度
3、串联质谱采集（MS/MS）
常见质谱采集模式：
百泰派克支持DDA+DIA联合采集，结合肽组数据库辅助识别，提升肽段解析效率。
4、数据处理与肽段识别
（1）数据库搜索
（2）定量分析
（3）功能注释
三、LC-MS/MS在高通量肽组学分析中的技术优势
四、LC-MS/MS肽组学的科研应用
神经科学：分析神经递质肽、记忆调控肽段（如神经肽Y）
肿瘤研究：识别肿瘤相关裂解肽段、新抗原或微环境信号肽
免疫学：结合HLA肽组学，解析免疫识别机制
代谢紊乱：发现内分泌调节肽与代谢通路关联
药效学研究：监测药物干预前后肽段表达动态变化
五、百泰派克生物科技：高通量肽组学分析全流程服务
作为国内领先的多组学平台服务商，百泰派克提供从样本到结论的一站式LC-MS/MS肽组学研究服务，包括：
✅ 多样本类型处理（组织、液体、细胞等）
✅ 富集策略优化与磁珠方案定制
✅ 高分辨LC-MS/MS平台（Orbitrap Exploris、Q Exactive等）
✅ DDA、DIA、PRM等采集模式任选组合
✅ 多维度差异分析 + 通路富集 + 网络构建
✅ 支持与蛋白组、代谢组、转录组联合分析
肽组学为理解复杂生物过程提供了更高维的窗口，而LC-MS/MS正是将这些肽段从混沌中分离、识别、定量的“核心武器”。它让我们能够走近真实的蛋白加工过程、功能片段表达谱与病理调控机制。百泰派克生物科技将继续依托先进的质谱平台、经验丰富的生信团队和严谨的服务体系，帮助科研人员最大限度释放高通量肽组学分析的科学价值。
百泰派克生物科技——生物制品表征，多组学生物质谱检测优质服务商
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