肿瘤免疫肽组助力新抗原精准发现
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直接从肿瘤组织或细胞中提取MHC复合物
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释放其中结合的短肽（8–15 aa）
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利用高灵敏度质谱系统（如Orbitrap Fusion Lumos、timsTOF SCP）进行鉴定
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构建真实的免疫肽图谱（Immunopeptidome）
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将鉴定到的肽段比对参考蛋白数据库
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结合WES/WGS/SNV等数据比对突变位点
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精准定位潜在新抗原肽段
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MHC类分子表达水平低，富集效率有限
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短肽质谱分析灵敏度要求极高
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数据分析标准尚未统一，跨平台可比性待提升
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高通量MHC免疫沉淀与肽段鉴定
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HLA高分辨率分型与个体化建库
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数据整合 + 新抗原筛选 + 定制报告服务
肿瘤新抗原（neoantigen）是癌细胞发生基因突变后产生的、只在肿瘤细胞上表达的独特肽段，具备高度特异性和免疫原性，是癌症个体化免疫治疗的核心靶点。如何精准、高通量地筛选真实呈递的新抗原，成为肿瘤疫苗、TCR-T细胞疗法等开发的关键挑战。新抗原预测方法依赖体细胞突变 + MHC结合预测算法，但这种间接预测的方式存在显著局限：预测结果假阳性率高，且无法判断肽段是否真正被MHC分子加工并呈递于细胞表面。肿瘤免疫肽组学（Immunopeptidomics），通过高分辨率质谱直接鉴定MHC结合肽，成为突破新抗原发现瓶颈的关键技术路径。
一、什么是肿瘤免疫肽组学？
肿瘤免疫肽组学是一种研究细胞表面MHC分子呈递肽段组成与变化的质谱组学方法，能够：
这种方法能够绕开生物信息学预测的不确定性，直接获取在体内被MHC呈递的新抗原候选肽段，更贴近真实免疫环境。
二、免疫肽组相比新抗原预测的优势
在免疫治疗研发过程中，尤其是肿瘤个体化疫苗或TCR识别靶点开发，免疫肽组可以显著提升新抗原验证的效率与精准度。
三、免疫肽组研究流程及关键技术要点
1、样本准备：高质量肿瘤组织或细胞株
组织样本建议尽量新鲜，或采用冷冻组织，避免反复冻融；部分研究也会使用肿瘤类器官或人源化细胞模型。
2、MHC免疫共沉淀（IP）
使用针对特定MHC I类或II类的单克隆抗体（如W6/32）进行免疫沉淀，富集MHC复合物。
3、肽段释放与纯化
通过酸洗释放MHC结合肽，使用C18柱或StageTip纯化短肽，去除杂质和大分子蛋白。
4、LC-MS/MS鉴定
使用高分辨率质谱仪，如Orbitrap Fusion Lumos、Exploris 480、Bruker timsTOF SCP等，结合针对短肽优化的LC梯度，提高检测灵敏度。
5、数据分析与新抗原筛选
四、免疫肽组在肿瘤免疫中的典型应用场景
1、个体化肿瘤疫苗设计
通过患者自身肿瘤组织识别真实新抗原肽，设计个体化疫苗，更具靶向性和免疫原性。
2、TCR-T靶点筛选
确认哪些突变肽被MHC I类分子呈递，可用于TCR识别靶点开发，提高T细胞疗效。
3、抗药性机制研究
某些耐药机制涉及MHC表达下调或肽呈递异常，免疫肽组可用于动态监测抗原呈递变化。
4、药物反应预测生物标志物
通过免疫肽组谱分析，寻找与免疫治疗应答相关的呈递肽段，辅助临床分型与用药指导。
五、挑战与未来趋势
尽管免疫肽组为新抗原发现提供了革命性工具，但仍面临以下挑战：
未来，随着更高灵敏度质谱平台、AI辅助肽段识别算法、免疫数据库整合的发展，免疫肽组有望成为癌症免疫精准医学的核心技术之一。
作为生命科学高通量平台服务提供商，百泰派克生物科技已构建完善的肿瘤免疫肽组学研究平台，提供：
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