全流程免疫肽组学服务：从样本到新抗原筛选

肿瘤免疫治疗迎来了跨越式发展，从免疫检查点抑制剂到个体化疫苗、TCR-T细胞疗法，精准激活T细胞识别肿瘤的能力被视为未来治疗的重要方向。新抗原（Neoantigen），即由肿瘤特有基因突变产生的新肽段，因其高度非自我属性，成为诱导肿瘤特异性免疫反应的理想靶点。然而，新抗原的筛选远非易事。通过体外算法预测MHC结合肽段的方法，虽具备一定通量，但仍面临假阳性率高、功能不确定等瓶颈。尤其是在个体化治疗背景下，仅靠预测模型已无法满足临床与研发对新抗原真实呈递状态的需求。在此背景下，免疫肽组学（Immunopeptidomics） 作为一种直接解析MHC复合物中呈递肽段的质谱技术，正逐渐成为新抗原发现的关键手段。相比预测，免疫肽组学提供了实测视角，使研究者能够直接识别在生理条件下由MHC分子呈递的真实肽段，为新抗原验证和靶点开发提供了更具生物学意义的依据。

 

一、免疫肽组学的技术原理与流程解析

免疫肽组学的核心在于，通过免疫共沉淀技术富集MHC分子，并释放其结合的短肽后，借助高分辨率质谱进行鉴定，从而还原抗原呈递的真实图谱。技术流程包括以下关键步骤：

1、样本准备

支持肿瘤组织、细胞系、PBMC等多种样本来源，前处理过程中需最大程度保留抗原肽的完整性，避免降解。

 

2、MHC免疫共沉淀（IP）

利用特异性抗体富集MHC-I或MHC-II复合物，确保肽段来源的专一性，是整个流程成败的关键。

 

3、肽段释放与纯化

通过温和的酸处理将短肽从MHC分子中释放，再经固相萃取等方式进行纯化，去除杂质和非特异性干扰。

 

4、质谱分析（LC-MS/MS）

应用高分辨率质谱设备（如Orbitrap Exploris或timsTOF），针对长度通常在8–15个氨基酸的短肽进行精准识别与定量。

 

5、数据库匹配与新抗原筛选

将质谱结果与基于患者突变信息（如WES/RNA-seq）构建的个性化肽段数据库进行比对，识别其中可能的突变来源肽，即潜在新抗原。

 

二、技术挑战与关键优化点

免疫肽组学的优势显著，但技术门槛也相对较高，尤其在以下几个方面需要精准控制：

1、低丰度肽段的富集能力

新抗原多为低丰度表达，优化MHC抗体选择与IP条件至关重要。

 

2、短肽的质谱灵敏度与识别效率

与常规蛋白组学相比，免疫肽组学更依赖高灵敏度设备与精准的质谱参数设定。

 

3、高置信度的肽段鉴定算法

数据处理需结合多重算法（如NetMHCpan、MixMHCpred）与严格的FDR控制，保障结果的准确性。

 

三、应用价值：连接数据与靶点的桥梁

免疫肽组学技术正在逐渐成为连接组学数据与治疗靶点的核心桥梁。其应用价值体现在多个层面：

• 用于个体化肿瘤疫苗或T细胞治疗靶点发现
• 评估肿瘤免疫原性及抗原逃逸机制
• 研究病毒感染或自身免疫病中的抗原呈递谱
• 作为药物作用机制或毒性反应的辅助评估手段

特别是在精准医疗领域，免疫肽组学的引入使得抗原验证不再仅是预测+验证的被动模式，而是从一开始就立足于真实被呈递的角度，提高研发效率与临床转化的成功率。


随着肿瘤免疫治疗个体化趋势日益显著，识别真实被呈递的新抗原正成为药物开发与靶点研究的新高地。免疫肽组学技术不仅提升了新抗原筛选的可信度，也为研究者提供了更具生物学意义的发现路径。百泰派克生物科技将继续以前沿质谱技术为核心，赋能免疫治疗研发全流程，助力科学家把握免疫识别的真实信号，推进精准医学的临床落地。

 

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