Edman降解 vs 质谱：蛋白质测序技术对比（二）
蛋白质作为细胞功能的核心执行者，其氨基酸序列信息不仅揭示其结构与功能，还为生物标志物发现、抗体鉴定、疫苗设计等应用提供基础。蛋白质测序，作为解析氨基酸组成与排列的关键技术，历经数十年发展，主要形成了两种主流路径：Edman降解法与质谱（Mass Spectrometry, MS）法。那么，这两种蛋白质测序技术各有何优势，又适用于哪些研究场景？本文将为您全面对比解析。
一、什么是Edman降解？
Edman降解是由Pehr Edman于1950年开发的一种经典蛋白质测序技术，原理是通过化学方式依次从N端切割出氨基酸，并加以鉴定，从而一步步推断蛋白序列。
1、核心机制
（1）PITC标记：苯异硫氰酸酯（PITC）与N端氨基酸反应形成环状衍生物；
（2）酸解切除：释放出第一个氨基酸衍生物（PTH-aa）；
（3）高效液相色谱（HPLC）分析：鉴定该氨基酸种类；
（4）重复上述步骤，逐个读取氨基酸。
2、优点
（1）高保真度，适用于序列已知或抗体验证；
（2）适用于纯化程度高的蛋白质；
（3）对序列中氨基酸修饰不敏感。
3、局限
（1）通常只能测定前30–50个氨基酸；
（2）要求样品纯度高，量大；
（3）对C端及中段序列无能为力；
（4）无法识别翻译后修饰（PTMs）。
二、什么是质谱蛋白测序？
质谱法测序是通过对蛋白质或肽段的质量-电荷比（m/z）进行精确测定，结合数据库搜索或de novo算法，实现蛋白序列解析的现代技术路径。
1、核心流程
（1）蛋白酶切：如胰蛋白酶水解蛋白成小肽；
（2）LC-MS/MS分析：液相色谱分离 + 串联质谱碎裂肽段；
（3）数据库匹配或de novo算法推断序列。
2、优点
（1）高通量：可同时测定上千种蛋白质；
（2）灵敏度高：纳克级甚至皮克级样本也能测序；
（3）识别翻译后修饰：如磷酸化、乙酰化、糖基化等；
（4）适配复杂样本：如细胞裂解液、组织提取物、血浆等。
3、局限
（1）对小肽（< 5 aa）难以解析；
（2）de novo算法结果需验证，存在一定不确定性；
（3）复杂修饰、异构体可能增加鉴定难度。
三、二者比较一览
四、蛋白质测序技术选择建议
若您手头拥有高纯度单一蛋白，并希望验证其N端序列或抗体片段，Edman降解仍具价值；
若您关注整体蛋白表达谱、翻译后修饰、或进行未知蛋白序列测定，质谱法则是更现代、高效的选择。
在蛋白质测序需求日益增长的今天，选择可靠的实验平台至关重要。百泰派克生物科技依托先进的Orbitrap与Q-TOF质谱平台，提供涵盖N/C端测序、de novo肽段测序、翻译后修饰分析等多样化服务。我们不仅满足科研人员的基础需求，更助力生物医药企业推进抗体药物研发、疫苗验证与创新蛋白设计。无论您是科研单位、医院研究者，还是生物医药企业，欢迎联系我们，一站式解决蛋白质测序难题。
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