CUT&Tag测序与样本准备建议

近年来，CUT&Tag（Cleavage Under Targets and Tagmentation） 技术因其高灵敏度、低背景和细胞数需求少等优势，迅速成为表观遗传学研究中的重要方法。相比ChIP-seq，CUT&Tag该方法能在更低输入量下实现更高分辨率的蛋白-DNA相互作用图谱，更适用于稀有细胞群体或临床样本的染色质研究。在实际实验中，CUT&Tag测序的成功与否在很大程度上取决于样本准备阶段的规范性与科学性。系统研究CUT&Tag技术的原理与优势，是帮助科研人员避免常见误区、优化实验设计，提升数据可靠性的重要基础。

 

一、CUT&Tag技术原理简述

CUT&Tag 是一种将抗体识别目标蛋白与 Tn5 转座酶介导的文库构建相结合的技术，核心流程包括：

• 细胞固定或渗透处理
• 特异性抗体结合目标蛋白
• Protein A/G-Tn5 复合体结合抗体
• 激活 Tn5 转座酶就地剪切并插入接头
• PCR 扩增生成测序文库

该流程不仅简化了实验步骤，还显著降低了背景噪音，实现高信噪比的富集区域检测。

 

二、CUT&Tag与ChIP-seq比较分析

 

比较维度	CUT&Tag	ChIP-seq
样本需求量	极低 (~1000个细胞)	通常>100万细胞
背景噪音	极低	通常较高
数据分辨率	高，接近单核苷酸	中等
实验流程时间	1-2天	3-5天
成本	较低	较高

 

对于高通量需求或样本有限的研究，CUT&Tag 是更具性价比的选择。

 

三、CUT&Tag技术样本准备建议：影响CUT&Tag成败的关键因素

1、细胞采集与处理

（1）细胞状态统一：建议处于对数生长期，避免细胞应激或凋亡。

（2）最低输入量：理论上 CUT&Tag 可在 100–10,000 个细胞下进行，但推荐输入量为 10,000–50,000 个细胞/样本。

（3）保持完整性：切忌过度搅拌或冻融，保持细胞核结构完整。

 

2、固定 vs. 非固定处理

（1）CUT&Tag 支持原位检测，通常不需要交联固定。

（2）对于某些非易保存样本（如组织切片、冷冻样本），轻度甲醛交联（0.1–0.5%）有助于结构保持，前提是优化脱交联步骤。

 

3、抗体选择：决定特异性与富集度

（1）优先选择已验证的 CUT&Tag 抗体。

（2）对于转录因子，需验证抗体结合活性和靶点特异性。

（3）避免使用未经验证或交叉反应强的抗体，以免信号偏移。

 

4、样本保存与运输建议

（1）若样本不能即时处理，推荐两种方案：

　① 轻度固定后 -80°C 保存；

　② 使用细胞保护液（如 Cellbanker）冻存。

（2）运输时应使用干冰或液氮，避免反复冻融。

 

四、数据分析注意事项：信号评估与背景控制

1、标准质控指标

（1）Mapping rate ≥ 80%

（2）FRiP 值（信号区域占比）> 0.3 为高质量标准

 

2、背景评估

设置 IgG 对照组可有效排除非特异性结合信号。

 

3、常用分析工具

（1）SEACR：信号区域识别

（2）deepTools：信号可视化

（3）IGV：基因组浏览器

 

五、百泰派克生物科技的CUT&Tag解决方案

• 拥有多种常用组蛋白修饰和转录因子抗体资源
• 提供低细胞量优化方案（支持≤5000个细胞）
• 实施全流程 QC 控制（抗体验证、片段长度检测、文库复杂度评估）
• 提供详细的生信分析报告（peak注释、GO/KEGG分析、motif发现等）

 

CUT&Tag 技术以其卓越的分辨率与灵敏度，正成为染色质研究的重要工具。合理的样本准备策略，包括细胞处理、抗体选择与保存运输等，是确保实验成功的核心。百泰派克生物科技结合前沿实验技术与专业生信团队，助力您从样本到数据一站到位，高效开启表观调控探索之旅。如需了解具体技术方案、样本提交标准或获取实验建议，欢迎访问我们官网或联系技术支持团队。

 

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