如何进行高通量的蛋白酰基化分析？
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细胞或组织裂解后使用含去酰基化酶抑制剂的裂解液（如TSA、NAM）防止修饰丢失；
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使用SDS或urea裂解后进行蛋白质定量；
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后续可采用FASP或in-solution法进行酶解。
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抗体富集：使用针对特定酰基化修饰（如anti-Kac、anti-Ksucc）的抗体进行免疫富集；
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多重富集：可串联使用多种抗体，或结合HILIC等前处理手段增强特异性；
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TMT标记+富集：实现多样本并行分析（Multiplexing），提高通量与效率。
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常用平台：Orbitrap Exploris、Q Exactive HF-X、TIMS-TOF Pro等；
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建议使用DDA（Data-Dependent Acquisition）进行深度扫描，或结合DIA（Data-Independent Acquisition）获得更高覆盖度；
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通过多级质谱（MS/MS或MS3）可提高修饰定位精度。
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搜索引擎：MaxQuant、Proteome Discoverer、Spectronaut（DIA）、PEAKS等；
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修饰数据库：Unimod 提供标准酰基化修饰定义；
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数据库搜索需考虑修饰质量偏移（如Kac为+42.0106 Da）；
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Site Localization Score（如ptmRS、Ascore）用于评估修饰位点可信度。
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严格控制修饰数据库设置，避免搜索歧义；
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使用高分辨MS/MS，提升同分异构肽的区分能力；
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采用串联抗体富集或顺序富集技术。
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同步开展全蛋白组分析（Total proteome）；
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通过标准化计算修饰/底物比值，挖掘真正调控机制。
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引入TMT标记+抗体富集，实现16-plex甚至18-plex并行分析；
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采用DIA+样本池设计，实现高通量筛查。
蛋白酰基化（Acylation）是蛋白质翻译后修饰（PTM）中的一个重要类别，广泛参与调控细胞代谢、信号转导、染色质重塑等关键生物过程。近年来，随着蛋白质组学技术，特别是高分辨质谱的发展，高通量分析蛋白酰基化修饰成为可能，并逐渐应用于代谢调控、表观遗传学、肿瘤标志物发现等研究前沿。
一、什么是蛋白酰基化？
蛋白酰基化是指将一个酰基基团（如乙酰、丙酰、丁酰、马来酰、琥珀酰等）共价修饰在蛋白质上，常见修饰位点包括赖氨酸（K）和N-端氨基。其中以赖氨酸乙酰化（Lysine acetylation, Kac）最为经典，但近年来更多“非经典酰基化”类型，如丙酰化（Kpr）、丁酰化（Kbu）、琥珀酰化（Ksucc）、马来酰化（Kmal）等引起研究者关注。这些修饰与代谢状态紧密相关，因为它们的供体（如乙酰辅酶A、琥珀酰辅酶A等）直接来自细胞代谢通路，因而被认为是代谢与表观调控之间的重要桥梁。
二、高通量蛋白酰基化分析的技术流程概览
高通量酰基化分析主要基于质谱平台，结合抗体富集、特异酶切和多维分离等策略，核心流程如下：
1、样本制备与蛋白提取
2、酰基化肽段的富集
由于酰基化肽在总肽中丰度极低（常低于0.1%），高特异性的富集手段是成功检测的关键：
3、高分辨质谱检测
4、数据分析与修饰位点鉴定
三、多种酰基化的并行分析：挑战与解决方案
1、修饰种类繁多、同位素干扰
多种酰基化修饰的质量偏移接近（如Kbu为+56.026 Da，Ksucc为+100.017 Da），易引起定量干扰。
解决方案：
2、修饰与底物丰度变化交织
修饰水平变化不一定等于功能变化，还需结合蛋白表达量进行校正。
解决方案：
3、样本通量受限
传统DDA方法一次最多只能分析10个样本。
解决方案：
蛋白酰基化作为代谢信号与蛋白功能之间的纽带，其系统研究对理解复杂生命过程具有重要意义。通过高分辨质谱技术、特异抗体富集策略与多通量定量方法的整合，科研人员已可高效开展多种酰基化修饰的并行分析。在这一领域，百泰派克生物科技凭借先进的质谱平台与成熟的酰基化组学方案，助力您在表观代谢、疾病机制、靶点筛选等方向取得更具突破性的成果。如您正在探索相关课题，欢迎联系我们获取项目方案或技术资料。
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