蛋白分析FAQ汇总

• • 基于生物标志物的蛋白质组学鉴定，应该选择 DDA 还是 DIA？

  对于 DDA，您可能需要TMT或MS1色谱图提取工具，如MaxQuant 或Mascot Distiller（或Skyline）。而且，您需要决定是使用需要试剂的等压标记方法（如TMT标记），还是使用色谱峰面积的无标记方法。如果是后者，那么无标记MS1方法可以更容易与无标记 DIA 进行比较

• • 构建您所选生物体的肽库（通过对源自纯细菌培养物的肽进行实验）有多重要？是否有用于派生此类库的推荐途径？

  我们建议您在获取必要的DDA搜索结果后，使用Skyline构建库，而不是使用SpectraST和工具来生成制表符分隔的“分析库”。 相关服务: DIA定量蛋白质组学

• • 三氟乙酸（TFA）是否仅用于调节缓冲液中的 pH 值？ 如果缓冲液的 pH 值允许，TFA 的浓度越低越好？

  1.三氟乙酸（TFA）可以作为离子对，浓度通常在0.05-0.1%左右。浓度过高会使溶液过酸，影响色谱柱的使用时间。 2.同时，TFA可以在硅胶表面占据硅烷醇基团，改善碱性化合物的峰形。 如果使用 0.1% TFA 有时分离效果不好，可以尝试 0.2% TFA，但使用后需要立即冲洗色谱柱。

• • 为什么选择差异凝胶电泳2D-DIGE进行定量蛋白质组学分析，而不是2D凝胶？

  在2D-DIGE（two-dimensional difference gel electrophoresis差异凝胶电泳）中，我们使用荧光染料对蛋白质进行标记，从而能够在一张凝胶中进行3个样品的测定。与传统的2D凝胶相比，2D-DIGE有许多优势： 更高的灵敏度：荧光染料的灵敏度为0.2n

• • 差异凝胶电泳2D-DIGE进行定量蛋白质组学分析的灵敏度如何？

  差异凝胶电泳2D DIGE 的灵敏度约为 0.2 ng/spot。 相关服务: 二维凝胶电泳服务

• • 差异凝胶电泳2D-DIGE进行定量蛋白质组学分析的精确度如何？

  由于极高的光斑分辨率，差异凝胶电泳2D DIGE非常准确。可以检测到小至 10% 的蛋白质表达差异。 相关服务: 二维凝胶电泳服务

• • 差异凝胶电泳2D-DIGE在进行定量蛋白质组学分析的重现性如何？

  高度可重复性：在同一凝胶上或跨不同凝胶上用不同 CyDye 标记的同一样品上可以获得相同的数据。 相关服务: 二维凝胶电泳服务

• • 差异凝胶电泳2D-DIGE进行定量蛋白质组学分析，可以检测多少个蛋白点？

  差异凝胶电泳2D DIGE 进行定量蛋白质组学分析时，如果使用 pH3-10 IPG 胶条检测 2000-5000 个蛋白质斑点。如果使用额外的 IPG 胶条，例如 pH 4-7、pH 6-9 和 pH 7-11，可以检测到超过 5000 个点。 相关服务: 二维凝胶电泳服务

• • 差异凝胶电泳2D-DIGE进行定量蛋白质组学分析，数据报告中包括哪些信息？

  差异凝胶电泳2D DIGE， 进行定量蛋白质组学分析后的数据报告一般包含两个主要部分： ImageQuant 分析：单个样品的凝胶图像和两个样品图像的叠加； DeCyder分析：对不同样品之间的所有斑点进行定量分析和比较。 相关服务: 二维凝胶电泳服务

• • 为什么要使用2D Wb来进行宿主残留蛋白 HCP抗体覆盖率检测而不是 ELISA、LCMSMS 或 AAE？

  通过2D Western blot 进行宿主残留蛋白 HCP（Host Cell Protein）检测，一般采用荧光标记进行，可以从同一凝胶和同一膜上生成 HCP 和 WB 图像。数据报告提供 HCP、Western 印迹和 HCP/Western 叠加图像，可以直接显示 ELISA 或 L