蛋白分析FAQ汇总

• • 交联法蛋白相互作用分析：我今天试了一下，是不是跑交联之前，还要看定量呢？

  是的，在进行交联实验以研究蛋白质之间的相互作用前，确实需要先进行蛋白质的定量。这个步骤非常重要，因为交联实验的结果会受到起始蛋白质浓度的影响。 在添加交联剂之前，我们需要知道蛋白质样品的确切浓度，以便正确计算所需的交联剂量。如果蛋白质浓度过高或过低，都可能导致交联效率不佳

• • 交联法蛋白相互作用分析：做蛋白质结构解析，怎么选交联剂呢

  交联剂的选择对于蛋白质结构解析来说是非常重要的步骤。在选择交联剂时，你需要考虑以下几个因素： 1.交联剂的反应性：不同的交联剂对不同的氨基酸侧链具有不同的反应性。例如，一些交联剂主要针对含有氨基或羧基的氨基酸，而其他一些则对含有硫醇基的氨基酸有反应。 2.交联剂的

• • 2D-DIGE进行定量蛋白质组学分析，为什么实验中有Analytical Gel和Prep Gel步骤？

  差异凝胶电泳2D DIGE 进行定量蛋白质组学分析，一般从分析凝胶开始实验，原因如下： 分析凝胶检测时，一般使用大约 25 µg 样品，而制备凝胶使用大约 250 µg 每个样品。分析凝胶的总蛋白上样量约为 75 µg，而制备凝胶的总蛋白上样量约为 750 µg。由于分析凝胶含有较少的样品量

• • 用iProphet文件构建库但Skyline无法识别，是否可用Spectrast构建库再导入Spectrast可以编写的格式？

  可以将SpectraST输出的.sptxt文件与Skyline一起使用。此外，我们确实支持iProphet的结果，甚至提供了大量使用iProphet分析的数据。 相关服务: DIA定量蛋白质组学

• • iRT肽在Skyline分析中的是必要的吗？使用“典型”肽进行保留时间校准是否可靠，是否应该始终使用iRT肽？

  在Skyline中可以使用内源肽作为iRT的保留时间标志，您无需购买和加入为此目的而设计的试剂混合物。 相关服务: DIA定量蛋白质组学

• • 关于质量误差"ppm"：这个误差是什么意思？它在DIA中通常比MS1高吗？

  它是指:观察到的质荷比（m/z）- 计算的质荷比（m/z）。没有一项研究研究表明它在MS/MS中的平均水平高于MS1。 相关服务: DIA定量蛋白质组学

• • 在连续分析大量临床样品时应该多久用强洗脱溶剂冲洗色谱柱以避免晚洗脱污染物导致的信号抑制，或者应该使用梯度每次进样后洗脱？

  这必须在方法开发和验证期间确定，并且非常依赖于方法--将直接与特定的化合物、提取方法和基质相关。例如，蛋白质沉淀法会产生比液-液萃取法更复杂的提取物。 相关服务: 样品处理

• • DIA和DDA两者优缺点是什么？另外：建议使用MSconvert或任何其他软件进行转换吗？或者建议的设置吗？

  转换是通过使用质心来减小文件大小。为了保持一致性，DIA 文件最初也是 mzXML 格式。然而，mzXML比 mzML丢弃更多的信息，在这种情况下，mzXML没有编码隔离窗口的办法，而只有一个前导质荷比（m/z），它可能是隔离窗口的中心，但在某种情况下如果您有 64 个可变隔离窗口，则隔离窗

• • 构建离子库：是否建议让每个 DDA 都以与 DIA 相同的 LC 梯度运行？如果使用iRT呢？是否需要iRT？

  为了获取最佳结果，您希望iRT测量值尽可能与实验性DIA测量值相匹配。经常使用“色谱库”方法，其中 DIA 搜索库是在相同条件下在同一列上获取的，并且与实验数据接近。这种方法总是使保留时间差得分成为一个非常有力的指标，你对实际使用的色谱进行iRT评分的距离越远，你对保留时间的预测就越难。你可

• • 用什么工具来生成 pep.xml文件？Skyline还采用哪些其他格式的文件？用PD进行搜索.msf 格式文件可以吗？

  Skyline采用了我们所接触到的所有格式，可以处理.msf 格式和.pdResult格式数据文件。 相关服务: DIA定量蛋白质组学