蛋白分析FAQ汇总

• • 质谱测序中什么软件可以做de novo sequencing？

  质谱测序（Mass Spectrometry Sequencing）是一种用于鉴定蛋白质序列的方法，其中De Novo测序（De Novo Sequencing）是指通过质谱数据来重建未知蛋白质的氨基酸序列，而不依赖于已知数据库中的蛋白质序列信息。在质谱测序中，De Novo测序对于未知蛋白

• • 请问细胞体内交联和先裂解再交联有什么区别呢？

  交联(cross-linking)法通过化学反应将两个或两个以上的分子链接在一起，这种技术常常被用于固定细胞内的分子在某一时刻的相对位置，帮助研究者更好地理解细胞内的生物过程，也是蛋白质相互作用研究中的重要技术。交联试剂可以在蛋白质相互作用时将它们共价交联在一起，捕获蛋白质-

• • 你好请教些问题 亚硝基化修饰位点打不出来是什么原因呢？

  亚硝基化修饰位点打质谱打不出来，可能是由于以下几个原因： 样品制备问题： 如果你在进行样品的制备过程中出现了错误，或者样品的保存和处理不当，可能会导致亚硝基化修饰蛋白的丢失或降解。 方法选择问题： 亚硝基化修饰的位点鉴定需要专门的数据库和软件支持，如果没有

• • 蛋白质序列分析有X怎么办？

  蛋白质序列分析中如果出现X，通常表示无法确定该位置的氨基酸残基。X是蛋白质序列中的一种缺失标记，可能是由于实验或测序中的技术问题导致的。在一些情况下，X也可能表示未知的或异常的氨基酸。当蛋白质序列中出现X时，需要注意以下几点：1.确定缺失位置：首先，需要确定X所在的具体位置。这可以通过测序数

• • 气相色谱法根据峰面积和保留时间怎么求样品质量浓度?

  气相色谱法（Gas Chromatography，GC）是一种常用的分析方法，它可以根据样品中不同成分的保留时间和峰面积来分析样品的质量浓度。具体操作步骤如下：1.建立标准曲线：首先，需要测定不同浓度的标准溶液的气相色谱图谱，分别记录各组分的保留时间（Retention Time, tR）和

• • 如何纯化微管蛋白？

  微管蛋白（Microtubule proteins）是细胞骨架的主要组成部分，包括α-和β-微管蛋白亚基。纯化微管蛋白涉及多个步骤，以下是一种常用的纯化方法：1.细胞收集：首先，选择适合的细胞系，并将细胞收集在离心管中。通过离心将细胞沉淀下来，去除培养基。2.细胞破碎：将细胞悬浮在微管稳定缓

• • 做蛋白质测序时，切下来的SDS蛋白条带含有不止一条蛋白条带怎么办？

  当切下来的SDS蛋白条带含有不止一条蛋白条带时，这些条带可能代表着多个蛋白质或不同的蛋白质异构体（例如不同的翻译产物或翻译后修饰形式）。在这种情况下，需要进一步分离和纯化这些蛋白质，以便单独鉴定每个蛋白质的氨基酸序列。通常，可以使用以下方法来处理含有多个蛋白条带的SDS胶：1.SDS-PAG

• • 一个蛋白一个化学药物小分子可以采用GST PULL down吗？

  GST Pull-Down 实验主要用来鉴定蛋白-蛋白间的相互作用。这种方法的原理是通过转基因方式将目标蛋白质与谷胱甘肽 S-转移酶（Glutathione S-transferase, GST）基因融合，利用GST蛋白与谷胱甘肽(Glutathione)的高亲和性，将GST融合蛋白与小鼠抗

• • 蛋白的肽链是如何测序的？

  蛋白的肽链测序是指确定蛋白质中氨基酸序列的过程。它是通过将蛋白质分解为小片段（肽段），然后对这些肽段进行测序来实现的。目前常用的方法是质谱法和DNA/RNA测序方法。1.质谱法测序：A.制备样品：将蛋白质进行消化，通常使用酶（如胰蛋白酶）将蛋白质分解为小肽段。B.质谱分析：使用质谱仪对肽段进

• • 怎么看哪个蛋白差异显著？

  要寻找显著差异的蛋白质，通常需要利用生物信息学方法进行差异表达蛋白质分析，常用的生信统计方法如t检验、方差分析、Wilcoxon等，这些方法将产生每个蛋白质的差异表达值（例如，fold change，log2(fold change)等）以及统计显著性指标（如p-value或校正后的p-va