蛋白分析FAQ汇总

• • 如何决定对裂解物或免疫沉淀物以溶液还是凝胶条带形式的样品进行分析?

  对于Label free非标定量分析，我们通常使用溶液内消化来限制样品间的变化量。用溶液样品进行消化和后续分析，还可以最大数量的获得蛋白定性“组分表”。该方法有助于避免因凝胶提取效率而产生的偏差，并在样品很少的情况下提高样品的原始灵敏度。因此，我们可以对蛋白质含量低至0.1 ug的样品进行溶

• • 我可以在什么缓冲液体系中提交样品?

  凝胶条带 样品应在4℃下储存在含有50 mM AmBic或水溶液的1.5 mL eppendorf管中。 溶液 样品应储存于含有0.1-0.5%Waters RapiGest 质谱兼容洗涤剂的50 mM碳酸氢铵中。相关服务:样品处理

• • 定性鉴定免疫沉淀和/或标记的蛋白质样品的未知磷酸化位点可以直接使用SDS-PAGE凝胶样品进行研究吗？还是使用溶液样品?

  用溶液样品开展研究是首选方法；但是，如果需要，也可以直接从SDS-PAGE凝胶条带样品中进行分析。 *注意：磷酸酶抑制剂（如 KF 和原钒酸钠）可以与LC-MS富集技术兼容，这些成分应在样品预处理过程加入。相关服务:磷酸化定量蛋白组学

• • 定性鉴定免疫沉淀和/或标记的蛋白质样品的未知磷酸化位点需要多少样品，样品需要多纯?

  我们需要至少0-15 ug的高纯度总蛋白（基于考马斯亮蓝染色的SPD-PAGE，蛋白纯度≥80%）样品或20-30ug的低纯度总蛋白（基于考马斯亮蓝染色的SDS-PAGE，蛋白纯度≤50%）样品，以最大限度地提高检测成功率和准确率。相关服务:凝胶及图像分析

• • 对于通过质谱法进行磷酸化分析，最终得到的是磷酸化的蛋白质还是实际的磷酸化残基?

  通过质谱法对经过胰蛋白酶酶解消化后的蛋白质样品进行磷酸化分析，从而可在肽水平上获得序列信息和磷酸化状态。因此，我们至少可以将磷酸基团定位在几个残基内。 如果肽序列上只有一个可磷酸化残基（即只有一个Ser，Thr或Tyr）或磷酸盐的数量等于可磷酸化残基的数量，则可以明确磷酸化的氨基酸位点。如果

• • LC-MS/MS是什么？

  LC-MS/MS即液相色谱串联质谱。样品制备过程中产生的肽通过液相色谱（通常为HPLC）根据物理性质（如疏水性或电荷）进行分离。随后，质谱仪测量相应肽的质荷比（m/z），基于此计算肽的分子量。在第二次进行MS检测后，分离目标肽段并进行肽段裂解。由此产生的碎片离子谱、MS / MS图谱中包含有

• • 什么是鸟枪法（Shotgun）蛋白质组学？

  在鸟枪法（Shotgun）蛋白质组学中，蛋白质被蛋白水解酶消化为肽段。质谱仪一次只能检测有限数量的肽，因此在进行 MS 分析之前，先将复杂的肽混合物在 nano-HPLC 上进行分离。从LC中洗脱得到的肽被喷射到MS中，并在电喷雾电离（ESI）过程中被高压电离为带电分子。 电离是必不可少的，

• • 蛋白质组鉴定报告中的‘# peptides’是什么意思？

  ‘# peptides’是蛋白质组中鉴定到的肽序列的总数。相关服务:蛋白质鉴定

• • 什么是蛋白质小组？

  并非所有鉴定的多肽都可以唯一地匹配到数据库中的单个蛋白质。例如，蛋白质亚型或同源蛋白质的相同的序列部分就会产生相同的多肽。因此，当一个已确定的肽可能属于多种蛋白质时，这些蛋白质则被划分为一个蛋白质小组。每个蛋白质小组由一个主蛋白质代表，主蛋白质是蛋白样品中最有可能存在的蛋白质（通常具有最高数

• • 气相色谱中的载气是什么?

  载气是用来携带样品的惰性气体。经常使用氦气(He)、氮气(N2)、氢气(H2)和氩气(Ar)。氦气和氮气是最常用的，并且在使用毛细管柱时需要使用氦气。相关服务:蛋白质质谱鉴定