如何决定对裂解物或免疫沉淀物以溶液还是凝胶条带形式的样品进行分析?

对于Label free非标定量分析，我们通常使用溶液内消化来限制样品间的变化量。用溶液样品进行消化和后续分析，还可以最大数量的获得蛋白定性“组分表”。该方法有助于避免因凝胶提取效率而产生的偏差，并在样品很少的情况下提高样品的原始灵敏度。因此，我们可以对蛋白质含量低至0.1 ug的样品进行溶液内消化和分析。 十二烷基磺酸钠聚丙烯酰胺凝胶电泳（SDS-PAGE）联合LC-MS/MS (GeLC) 最常见的应用就是定性鉴定免疫沉淀或蛋白质纯化后特定凝胶条带的组成。 其他几种联合使用方案表明基于凝胶的分析可能很有用。例如，GeLC 可以从分析中排除一种或多种高丰度蛋白，这在免疫共沉淀研究中很有用，因为诱饵蛋白的水平高于其他相互作用蛋白，而这些高丰度诱饵蛋白会干扰低丰度相互作用蛋白的检测。GeLC 还可与 1D-LC-MS/MS分析结合使用，为您的样品提供二维分离，从而提高蛋白质组覆盖率。我们还结合使用SILAC和GeLC 来量化蛋白质组响应细胞刺激的变化。



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• 凝胶及图像分析