蛋白分析FAQ汇总

• • 如何评估数据的质量？

  我们监控 LC 和质谱仪的多个参数，定期校准仪器，在样品运行之前、之后和运行过程中执行质量控制运行，并在样品运行之前、之后和运行过程中另外引入洗脱步骤以避免残留效应。在我们提供的质谱xlsm格式结果文件中，有一个名为“Quality Control”的选项卡，其中显示了几个参数，例如质量偏差

• • 如果我找不到您发送给我的质谱结果文件，该怎么办？

  我们将所有结果文件存储在安全服务器上，我们可以随时访问数据。 因此，如果您再也找不到您的质谱结果，请联系我们，我们将向您发送原始结果文件的另一份副本。相关服务:生物信息学分析

• • 原始数据也可以访问吗？

  我们将所有原始数据文件存储在安全的服务器上，我们可以随时访问。 因此，如果您希望自己拥有原始数据或将其提供给期刊，因为编辑出于透明度的原因要求提供原始数据，请联系我们，我们将向您发送原始原始数据文件的副本。相关服务:生物信息学分析

• • 如何克服蛋白质不同交互属性的问题？

  许多蛋白质是“社会性”的，并且在称为蛋白质复合物的组中相互作用。其他一些合作伙伴相当“非社交”，只有有限的交流（例如信号转导途径），并且仅参与短暂的相互作用（即容易形成和破坏的蛋白质相互作用）。 可以使用交联剂（例如甲醛）的作用将相互作用蛋的白质“粘合”在一起。 例如，您可以在蛋白质提取物中

• • 如何从血液、尿液和组织等生物基质中提取、分离和浓缩极性化合物？

  对于生物基制中极性化合物的提取和分离，建议采用亲水作用色谱(HILIC)方法。相关服务:样品处理

• • 如果设备鉴定出的替代肽对您的蛋白质的特异性不高怎么办？

  在进行任何“wet work”之前，我们总是进行计算机分析并确定各种消化产生的潜在肽的特异性。如果它们符合我们的标准，我们就会针对这些替代肽。如果不能产生合适的替代肽，那么我们将使用替代检测平台。相关服务:蛋白质鉴定

• • 什么是蛋白质推断？

  当针对肽序列数据库搜索MS / MS谱时，在大多数情况下，匹配的肽并不是单个蛋白质所独有的。然而，我们通常想知道样品中存在哪些蛋白质。因此，我们面临着蛋白质推断的挑战：给定一组肽匹配，我们认为样品中存在哪些蛋白质？ 通常的方法基于“简约原则”。我们报告了解释观察到的肽匹配的最小蛋白质集。如果

• • 分析报告中的独特肽（unique peptides）是什么意思？

  ‘unique peptides’反映了由列出的主蛋白所代表的蛋白质组所特有的肽序列的数量。这些肽不存在于任何其他不同组的蛋白质中。主蛋白中包含了所有列出的特异性肽，此蛋白组中的其他蛋白质可能仅包含特异性肽的其中一个子集。相关服务:生物信息学分析

• • 什么是肽谱匹配（PSM）？

  肽谱匹配（PSM)是与给定蛋白质的肽序列匹配的MS/MS谱的数量。对于高丰度肽，通常匹配到多个谱图，因而PSM值很可能高于所鉴定出肽的数量。PSM可作为一种无标记的半定量（光谱计数）方法，同时PSM也间接反映了对应多肽的丰度。相关服务:生物信息学分析

• • 什么是不完全酶解位点数目(Missed cleavages)？

  Missed cleavages指酶未切割的肽序列中切割位点的数量。这个值排除了氨基酸（例如Pro）抑制切割酶（例如胰蛋白酶）的情况。 作为蛋白质酶消化效率和再现性的质量控制，我们还报告了错过的蛋白水解切割位点的数量。通常在生物信息学检索工具会在胰蛋白酶消化蛋白组之后，会多考虑2个遗漏蛋白裂