我该如何选择蛋白质样品LC-MS/MS分析的运行时间？

如果您的蛋白样品只含单一蛋白质或含多达50个等摩尔质量的蛋白，并且需要进行蛋白质鉴定，则30分钟的运行时间就足够了。如果您是IP样品，并期望检测出约100种蛋白质，那么我们建议60分钟的运行。如果您期望寻找翻译后修饰位点（PTM），我们建议至少运行60分钟。如果您的样品是含有数百种蛋白质的蛋白混合物，那么我们建议运行2小时。如果您想要进行细胞裂解，建议2-4小时。上述所有建议都是基于有足够的鉴定原材料，且要求总蛋白含量≥1μg。如果总蛋白质含量极少，则延长运行时间将没有任何意义。

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