代谢组学FAQ汇总

• • 请问我的结果与黄酮呈负相关与多酚含量呈正相关，这正常吗

  您提到的结果中，某些变量与黄酮呈负相关，而与多酚含量呈正相关。这种情况是否正常取决于具体的研究背景和实验条件： 1.黄酮与结果的负相关性： 黄酮是一类天然存在于植物中的化合物，它们在植物的生长、抗病和代谢等方面扮演重要角色。如果某个变量（如某种生理指标、环境因子等）与黄酮含量呈负相关，这可

• • 通过非靶找到目标代谢物后怎么做信号通路

  在非靶向代谢组学研究中找到目标代谢物后，你可以参考以下思路进行信号通路分析： 1.数据确认和预处理： 确认代谢物的身份，包括其化学结构和生物学功能。对代谢组数据进行必要的预处理，例如归一化、标准化和统计分析，以确保数据的质量和可靠性。 2.文献调研： 研究目标代谢物在已知的生物学文献中的

• • 请问脂质代谢组学研究细胞样品收集中冻细胞的时候是只冻细胞吗，还要加培养基或者冻存液吗

  在脂质代谢组学研究中，收集细胞样品进行冻存时，通常不只是冻结细胞本身，而是需要在特定的冻存液中进行冻存： 1.冻存液的作用： 冻存液通常包含一种叫做二甲基亚砜（DMSO）的化合物，以及其它成分，如血清等。这些成分有助于降低冰晶形成的风险，从而保护细胞的结构和功能。 2.冻存步骤： 在冻存

• • 临床血清可以放到液氮里存放么？存放到液氮里几个月，再送检非靶向代谢组学，会影响结果么？

  将临床血清样本存放在液氮中通常是一种常见的冷冻保存方法，可以有效保护样本中的生物分子，减少降解和分解的可能性。然而，存放时间和样本的质量管理仍然是关键因素，可能会影响非靶向代谢组学分析的结果。 液氮的极低温度可以延缓样本的降解，但并不能完全停止分子的变化。对于非靶向代谢组学研究，通常会关注

• • 临床样本的血清代谢组学取样本，最低多少例？有什么参考依据吗？

  对于临床样本的血清代谢组学研究，样本数量的确定取决于多种因素，包括研究目的、研究设计、统计功效分析、样本异质性、以及经费和资源的可用性。目前没有统一的最低样本量标准，但以下几点是确定样本数量时需要考虑的关键因素： 1.研究目的和设计： 初步探索性研究可能需要较少的样本量，而旨在验证特定假设

• • 一般是用PLS-DA还是OPLS-DA来分析模型的预测能力，我见过文献两个都有写，不懂应该用哪个。

  在选择PLS-DA（偏最小二乘判别分析）和OPLS-DA（正交偏最小二乘判别分析）来分析模型的预测能力时，考虑因素包括数据的特性和研究的具体需求。这两种方法都是用于多变量统计分析，尤其在代谢组学和化学计量学领域中广泛应用，但它们有一些关键的区别： 1.PLS-DA: 一种监督性学习方法，

• • 如果是小样本量做出来的OPLS-DA中的Q2Y只有0.2左右，能用吗？

  Q2Y值是评估OPLS-DA模型预测性能的一个关键参数，代表交叉验证预测性的指标。 1.Q2Y值的解释： 在OPLS-DA中，Q2Y值通常用于评估模型的预测能力。一个高的Q2Y值（接近1）表示模型具有良好的预测性能，而低的Q2Y值则表明预测性能较差。通常，Q2Y值大于0.5被认为是可接受的

• • OPLS-DA置换检验中R2有0.93，而且斜率是负的，能用吗？

  在OPLS-DA中，R2值衡量模型对数据变异性的解释程度。一个R2值为0.93意味着模型能够解释数据93%的变异性。这通常被认为是一个很高的值，暗示模型拥有很好的解释能力。 在做置换检验（permutation test）时，通常会生成一个模型参数（如R2或Q2）与随机置换次数的关系图。在

• • 脂质代谢组学研究中细胞样品收集是什么状态下保存的

  在脂质代谢组学研究中，细胞样品的收集和保存是一个关键过程，因为样品的状态直接影响到实验结果的准确性和可靠性： 1.快速冷冻: 一旦收集，将细胞样品置于液氮中或者在-80°C的冰箱中快速冷冻，防止代谢活动的变化。 2.储存条件: 冷冻后的样品应储存在低温环境中，通常是-80°C。这有助于保

• • 去氧糖连在一起的多糖提取，如何极大性的提取多糖呢

  提取去氧糖连在一起的多糖是一个涉及生物化学和化学工程的复杂过程。为了极大化多糖的提取，可以采取以下几种策略： 1.原料选择和预处理： 选择富含目标多糖的生物材料，如某些植物或微生物。 使用物理方法（如研磨、超声波处理）破坏原料细胞壁，增加去氧糖多糖的可及性。 采用酶预处理，特别是使用能分