代谢组学FAQ汇总
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• 如果是小样本量做出来的OPLS-DA中的Q2Y只有0.2左右，能用吗？
Q2Y值是评估OPLS-DA模型预测性能的一个关键参数，代表交叉验证预测性的指标。 1.Q2Y值的解释： 在OPLS-DA中，Q2Y值通常用于评估模型的预测能力。一个高的Q2Y值（接近1）表示模型具有良好的预测性能，而低的Q2Y值则表明预测性能较差。通常，Q2Y值大于0.5被认为是可接受的
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• OPLS-DA置换检验中R2有0.93，而且斜率是负的，能用吗？
在OPLS-DA中，R2值衡量模型对数据变异性的解释程度。一个R2值为0.93意味着模型能够解释数据93%的变异性。这通常被认为是一个很高的值，暗示模型拥有很好的解释能力。 在做置换检验（permutation test）时，通常会生成一个模型参数（如R2或Q2）与随机置换次数的关系图。在
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在脂质代谢组学研究中，细胞样品的收集和保存是一个关键过程，因为样品的状态直接影响到实验结果的准确性和可靠性： 1.快速冷冻: 一旦收集，将细胞样品置于液氮中或者在-80°C的冰箱中快速冷冻，防止代谢活动的变化。 2.储存条件: 冷冻后的样品应储存在低温环境中，通常是-80°C。这有助于保
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提取去氧糖连在一起的多糖是一个涉及生物化学和化学工程的复杂过程。为了极大化多糖的提取，可以采取以下几种策略： 1.原料选择和预处理： 选择富含目标多糖的生物材料，如某些植物或微生物。 使用物理方法（如研磨、超声波处理）破坏原料细胞壁，增加去氧糖多糖的可及性。 采用酶预处理，特别是使用能分
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真空干燥后多糖难以溶于水的问题可能是由于其分子结构或干燥过程中形成的物理性质所致。可以尝试以下方法来改善其溶解性： 1.物理改性： 在溶解前，将多糖粉末进行细致研磨，以增加其表面积，有助于提高溶解速度。 使用超声波处理，超声波可以促进水分子与多糖之间的相互作用，提高溶解速度。 2.化
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在离子组学研究中，筛选出差异显著的离子后，常用以下几种统计图来展现结果： 1.火山图（Volcano Plot）： 这种图展示了离子的显著性（通常是p-value）与效应大小（比如，对照组与实验组的比值）之间的关系。火山图能够一目了然地显示出那些差异显著且效应大小较大的离子。 2.箱线图
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• 做非靶向代谢，能得到组间上调/下调了百分之多少吗，还是只能得到上调/下调？
在非靶向代谢组学研究中，研究者不仅能够识别出哪些代谢物水平发生了变化，还能定量这些变化的程度。这些数据通常通过比较不同样本（如疾病状态与健康状态，或者不同处理组之间）的代谢物丰度得到——通过对照品（内标或外标）的使用来进行定量分析，进而估计代谢物含量的相对上调或下调百分比。 百泰派克生物科
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胆汁酸相关的qPCR（定量聚合酶链反应）实验主要用于研究胆汁酸合成、代谢相关基因的表达。胆汁酸合成涉及多个酶的参与，包括胆固醇7α-羟化酶（CYP7A1），胆固醇27-羟化酶（CYP27A1），12α-羟化酶（CYP8B1）等。不同的基因对应的qPCR引物也不同。以下是这些基因的部分常用引物
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多糖甲基化的GC-MS（气相色谱-质谱）检测是一个用于鉴定和定量甲基化多糖样本中的单体成分的方法。其基本流程可以概括为样品的甲基化、气相色谱分离和质谱检测。 一、解析和比对步骤： 1.数据获取: 从GC-MS仪器中获得原始的色谱和质谱数据。 2.峰值检测: 利用软件工具，如NIST、M
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• 请问文章中列出的通路是挑自己需要的通路列出的还是要根据p值大小啥的列吗？前面都是疾病相关的
在文章中列出的通路选择方式是一个关键决策点，决定了结果的解释和文章的关注点。 一、通路选择的准则： 文章中列出的通路有以下几种选择方式： 1.基于生物学意义的选择： 即根据疾病或生物过程的已知背景信息来选择相关通路。例如，在癌症研究中，可能会特别关注与细胞周期、凋亡等已知与癌症密切相关的
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