代谢组学FAQ汇总

• • 临床血清可以放到液氮里存放么？存放到液氮里几个月，再送检非靶向代谢组学，会影响结果么？

  将临床血清样本存放在液氮中通常是一种常见的冷冻保存方法，可以有效保护样本中的生物分子，减少降解和分解的可能性。然而，存放时间和样本的质量管理仍然是关键因素，可能会影响非靶向代谢组学分析的结果。 液氮的极低温度可以延缓样本的降解，但并不能完全停止分子的变化。对于非靶向代谢组学研究，通常会关注

• • 临床样本的血清代谢组学取样本，最低多少例？有什么参考依据吗？

  对于临床样本的血清代谢组学研究，样本数量的确定取决于多种因素，包括研究目的、研究设计、统计功效分析、样本异质性、以及经费和资源的可用性。目前没有统一的最低样本量标准，但以下几点是确定样本数量时需要考虑的关键因素： 1.研究目的和设计： 初步探索性研究可能需要较少的样本量，而旨在验证特定假设

• • 一般是用PLS-DA还是OPLS-DA来分析模型的预测能力，我见过文献两个都有写，不懂应该用哪个。

  在选择PLS-DA（偏最小二乘判别分析）和OPLS-DA（正交偏最小二乘判别分析）来分析模型的预测能力时，考虑因素包括数据的特性和研究的具体需求。这两种方法都是用于多变量统计分析，尤其在代谢组学和化学计量学领域中广泛应用，但它们有一些关键的区别： 1.PLS-DA: 一种监督性学习方法，

• • 如果是小样本量做出来的OPLS-DA中的Q2Y只有0.2左右，能用吗？

  Q2Y值是评估OPLS-DA模型预测性能的一个关键参数，代表交叉验证预测性的指标。 1.Q2Y值的解释： 在OPLS-DA中，Q2Y值通常用于评估模型的预测能力。一个高的Q2Y值（接近1）表示模型具有良好的预测性能，而低的Q2Y值则表明预测性能较差。通常，Q2Y值大于0.5被认为是可接受的

• • OPLS-DA置换检验中R2有0.93，而且斜率是负的，能用吗？

  在OPLS-DA中，R2值衡量模型对数据变异性的解释程度。一个R2值为0.93意味着模型能够解释数据93%的变异性。这通常被认为是一个很高的值，暗示模型拥有很好的解释能力。 在做置换检验（permutation test）时，通常会生成一个模型参数（如R2或Q2）与随机置换次数的关系图。在

• • 脂质代谢组学研究中细胞样品收集是什么状态下保存的

  在脂质代谢组学研究中，细胞样品的收集和保存是一个关键过程，因为样品的状态直接影响到实验结果的准确性和可靠性： 1.快速冷冻: 一旦收集，将细胞样品置于液氮中或者在-80°C的冰箱中快速冷冻，防止代谢活动的变化。 2.储存条件: 冷冻后的样品应储存在低温环境中，通常是-80°C。这有助于保

• • 去氧糖连在一起的多糖提取，如何极大性的提取多糖呢

  提取去氧糖连在一起的多糖是一个涉及生物化学和化学工程的复杂过程。为了极大化多糖的提取，可以采取以下几种策略： 1.原料选择和预处理： 选择富含目标多糖的生物材料，如某些植物或微生物。 使用物理方法（如研磨、超声波处理）破坏原料细胞壁，增加去氧糖多糖的可及性。 采用酶预处理，特别是使用能分

• • 请问白芨多糖真空干燥后很难溶于水的改善方法？

  真空干燥后多糖难以溶于水的问题可能是由于其分子结构或干燥过程中形成的物理性质所致。可以尝试以下方法来改善其溶解性： 1.物理改性： 在溶解前，将多糖粉末进行细致研磨，以增加其表面积，有助于提高溶解速度。 使用超声波处理，超声波可以促进水分子与多糖之间的相互作用，提高溶解速度。 2.化

• • 请问离子组学筛选出来的差异离子一般用什么统计图展现呀

  在离子组学研究中，筛选出差异显著的离子后，常用以下几种统计图来展现结果： 1.火山图（Volcano Plot）： 这种图展示了离子的显著性（通常是p-value）与效应大小（比如，对照组与实验组的比值）之间的关系。火山图能够一目了然地显示出那些差异显著且效应大小较大的离子。 2.箱线图

• • 做非靶向代谢，能得到组间上调/下调了百分之多少吗，还是只能得到上调/下调？

  在非靶向代谢组学研究中，研究者不仅能够识别出哪些代谢物水平发生了变化，还能定量这些变化的程度。这些数据通常通过比较不同样本（如疾病状态与健康状态，或者不同处理组之间）的代谢物丰度得到——通过对照品（内标或外标）的使用来进行定量分析，进而估计代谢物含量的相对上调或下调百分比。 百泰派克生物科