代谢组学FAQ汇总

• • 胆汁酸QPCR用哪些引物

  胆汁酸相关的qPCR（定量聚合酶链反应）实验主要用于研究胆汁酸合成、代谢相关基因的表达。胆汁酸合成涉及多个酶的参与，包括胆固醇7α-羟化酶（CYP7A1），胆固醇27-羟化酶（CYP27A1），12α-羟化酶（CYP8B1）等。不同的基因对应的qPCR引物也不同。以下是这些基因的部分常用引物

• • 多糖甲基化gc-mc检测之后怎么解析比对

  多糖甲基化的GC-MS（气相色谱-质谱）检测是一个用于鉴定和定量甲基化多糖样本中的单体成分的方法。其基本流程可以概括为样品的甲基化、气相色谱分离和质谱检测。 一、解析和比对步骤： 1.数据获取: 从GC-MS仪器中获得原始的色谱和质谱数据。 2.峰值检测: 利用软件工具，如NIST、M

• • 请问文章中列出的通路是挑自己需要的通路列出的还是要根据p值大小啥的列吗？前面都是疾病相关的

  在文章中列出的通路选择方式是一个关键决策点，决定了结果的解释和文章的关注点。 一、通路选择的准则： 文章中列出的通路有以下几种选择方式： 1.基于生物学意义的选择： 即根据疾病或生物过程的已知背景信息来选择相关通路。例如，在癌症研究中，可能会特别关注与细胞周期、凋亡等已知与癌症密切相关的

• • 有simca做pls-da的操作流程嘛

  以下是使用SIMCA进行PLS-DA的基本操作流程： 1.数据导入： 打开SIMCA软件。 选择“新建项目”或“打开已有项目”。 导入待分析的数据，可以是Excel文件、文本文件等。 2.数据预处理： 检查数据中是否有缺失值，如果有，进行填充或排除。 进行数据标准化或归一化，这样可

• • PLS-DA/OPLS-DA二维图的数据总是不出，怎么回事呢

  如果您遇到PLS-DA/OPLS-DA二维图时出不来的情况，可以考虑以下几个原因： 1.数据预处理： 确保您的数据已经进行了适当的归一化、均值中心化或缩放等预处理步骤。 2.模型参数： 确保为PLS-DA或OPLS-DA选择了正确的参数设置。例如，组件数量或模型复杂度可能需要调整。 3

• • 非靶向代谢组学有些代谢物不知道内源还是外源该怎么办？

  非靶向代谢组学研究通常涉及从生物样品中检测大量的代谢物，而其中许多代谢物可能来自于生物体内（内源性）或生物体外（外源性）。当试图确定代谢物的来源时，可以参考以下方法和建议： 1.对照实验： 在设计实验时，可以考虑设置对照组，例如，不含特定外源性化合物的对照组，以帮助鉴别是否有代谢物来自于这

• • 非靶向代谢组学是不是只关注内源性代谢物呢？如果在代谢物较少的情况下鉴定出非内源性代谢物，结果要不要放进文章中呢？

  非靶向代谢组学（Untargeted Metabolomics）是一种全面、不偏见地探测样品中所有可检测的代谢物的方法。这种方法不仅仅局限于内源性代谢物，还可以探测外源性代谢物，例如药物、食品添加剂、环境毒素等。 如果在代谢物较少的情况下鉴定出非内源性代谢物，是否将其放入文章取决于研究的目

• • PLS-DA/OPLS-DA二维图是用什么软件做的

  PSL-DA/OPLS-DA二维图通常是通过专业的统计和数据分析软件生成的。常用的软件工具主要包括： 1.R 语言： R 语言是一个强大的统计计算和图形化软件，通过使用“mixOmics”包或“ropls”包等，它可以执行PLS-DA和OPLS-DA分析，并生成二维图。 2.Metabo

• • KEGG通路分析中P值校正后的FDR是表示富集程度高还是p值小，我只知道圆点大表示蛋白质数量多，不太懂FDR的意思

  FDR是多重假设检验中的一个概念，用于控制错误发现的比率。在进行大量的假设测试时（例如，检查数千个基因是否与某种疾病相关），我们可能会得到许多统计上显著的结果，但其中一些可能只是偶然的。为了控制这种假阳性，我们使用FDR。它的值在0到1之间，FDR越低，表示通路富集的信度越高。 所以，FD

• • 请问您之前有提取过细胞多糖吗？

  提取细胞多糖是一个涉及多个步骤的复杂过程，这些多糖是细胞壁的重要组成部分，特别是在植物和某些微生物中。以下是一般的细胞多糖的提取步骤，但请注意，根据特定的细胞类型和所需的多糖类型，这些步骤可能需要适当调整： 1.细胞收集与准备： 从所选择的组织或培养物中收集细胞。确保在收集和处理样品的过程