蛋白分析FAQ汇总

• • 糖基化分析的实验该怎么做？详细的实验步骤。

  糖基化分析的实验步骤可以根据分析目的和选择的方法有很大的不同，质谱分析是一种强大的技术，能提供蛋白质糖基化位点和糖链结构的详细信息。这里我们以质谱（MS）分析蛋白质N-糖基化为例，提供一个相对通用的流程： 1. 样本准备 蛋白质提取：从目标样本（如细胞、组织或生物流体）中提取总蛋白。 蛋白

• • 做IP提取的蛋白，能像做Wb的蛋白一样保存在负80负度吗？还是配了马上就用？

  可以的。做免疫共沉淀（IP）的蛋白样本通常也可以在-80°C下保存，就像Western blot（WB）的蛋白样本一样。关键是确保样本在冻存过程中避免反复冻融，因为这可能导致蛋白降解或失活。使用时，应该一次性取用所需量，并在使用前充分解冻。     CO-IP免疫共沉淀法蛋白互作分析 蛋白质

• • 多肽质谱数据一般用什么软件处理呢？

  处理多肽质谱数据通常使用以下软件：   1.MaxQuant： 适用于蛋白质组学数据的定量分析，特别是液相色谱-质谱（LC-MS/MS）数据。   2.Proteome Discoverer： Thermo Fisher Scientific提供，用于蛋白质鉴定和定量的综合平台。   3.M

• • KEGG通路注释及富集分析在有代谢组数据和转录组数据的情况下，怎么筛选差异基因？

  在有代谢组和转录组数据的情况下，进行KEGG通路注释及富集分析以筛选差异基因，可以遵循以下步骤： 1. 数据预处理 转录组数据： 质量控制：使用工具如FastQC检查原始序列数据的质量，然后使用Trimmomatic或fastp进行质量修剪。 序列比对：使用比对工具（如HISAT2、STA

• • 用非标记定量的SWATH技术能不能找到差异蛋白？只有用TMT标记蛋白质组学才用C18除盐吗？

  使用非标记定量的SWATH技术也能找到差异蛋白，并用于后续分析。SWATH作为一种数据独立获取（DIA）技术，可以实现大规模的蛋白质组定量分析，不依赖于前期的标记。C18除盐也不仅限于TMT标记的蛋白质组学研究，它是一种通用的样品准备步骤，用于提纯蛋白质样本中的肽段，减少样品复杂性，适用于多

• • dia模式是交替扫描，还是是先扫一级再扫二级？

  DIA（数据独立获取）模式是先扫描一级质谱（MS1），然后在预设的窗口范围内系统地扫描二级质谱（MS2），覆盖整个质量范围，而不是基于先前选择的前体离子。这种方式确保了更广泛的样品覆盖和更高的数据重现性，与交替扫描或基于特定前体离子的选择性扫描（如在SRM或PRM模式中）不同。

• • 怎么提取蛋白纯化蛋白呢？

  蛋白提取：首先根据蛋白的来源和特性准备样本。如果蛋白来自细胞或组织，需要通过物理或化学方法破碎细胞，释放蛋白到溶液中。然后使用裂解缓冲液（包含适当的盐、缓冲剂和可能的蛋白酶抑制剂）破碎细胞，释放蛋白质到溶液中，接下来通过离心分离细胞碎片和未破碎的细胞，收集含有蛋白的上清液。可能需要多次离心，

• • 多肽质谱鉴定：一般血清能测到多少个肽段？

  在血清样本中，使用质谱鉴定通常可以检测到几百到几千个肽段，具体数量取决于分析的灵敏度和深度。通常，现代质谱仪可以检测成千上万个不同的多肽，但是在不进行富集的情况下，从复杂的血清样本中直接检测到的多肽数量可能会较少。     多肽质谱鉴定 多肽组学分析 多肽测序 多肽从头测序 肽纯度分析 分子

• • 蛋白胶打质谱前送样，胶需要放dd水里保存吗？蛋白会弥散、降解吗？

  在进行质谱前送样之前，蛋白胶可以放置在去离子水（ddH2O）中保存，但不建议长时间将蛋白胶放在去离子水中保存，因为这可能导致蛋白质弥散或降解。为保持蛋白质的稳定性，建议根据后续分析的具体要求选择适当的保存方法，如低温条件下短期保存或在适当的缓冲液中短期保存，最好尽快进行质谱分析以减少潜在的蛋

• • Q-tof能测中长肽吗？很多文献中Q-tof鉴定出来的基本是五肽以下的。

  Q-TOF能测量中长肽。虽然文献中常见于五肽及以下的分析，但通过优化实验条件，Q-TOF同样适用于中长肽的鉴定。   很多文献中Q-TOF常用于鉴定较短的肽段（例如五肽及以下），这主要是因为短肽更容易离子化和分析，而且离子化效率通常更高，使得检测更加敏感和准确。但这并不意味着Q-TOF不能用