蛋白分析FAQ汇总

• • 为什么进行多通道扫描MRM时会出现离子交互影响？

  如果先后进入离子扫描通道的碎片离子分子量单位一样或相差很小，碰装室里的上一个碎片离子来不及清除，就会与下一个碎片离子产生交互影响。相关服务:MRM/PRM定量蛋白组学分析

• • 如何消除MRM扫描的离子交互影响？

  1、可以考虑选择特异的碎片离子；2、适当增加前后扫描之间的时间间隔； 3、还可以设置额外的离子扫描通道。相关服务:MRM/PRM定量蛋白组学分析

• • iTRAQ定量重复性好不好？

  iTRAQ的定量重复性是指同样的样本在不同的上机检测时得到的结果是否一致。一般得分较低或比值较靠后的蛋白才会出现严重的定量偏差，绝大部分的蛋白比值趋势是一致的。一般来说，由于质谱选取肽段的随机性，可能导致检测到的肽段及其强度不同，在经过软件匹配分析后，得相关服务:基于标签的蛋白质定量技术-i

• • 用不同的检索数据库分析iTRAQ定量数据为什么得到的组件比值不同？

  使用不同数据库检索iTRAQ数据，可能会出现由于肽段匹配情况不同导致的些许定量结果差异，但是总体变化趋势应是一致的。相关服务:基于标签的蛋白质定量技术-iTRAQ，TMT， SILAC

• • LC-MS是定量还是定性鉴定？

  LC-MS是定量鉴定，若要进行定性鉴定，需要在蛋白定量后各取相同量的蛋白进行还原化和烷基化。相关服务:蛋白质质谱鉴定

• • LC-MS鉴定对蛋白有量的要求吗？

  答案是肯定的，要求至少提供50ug蛋白，浓度不低于5ug/ul。相关服务:蛋白质质谱鉴定

• • 蛋白互作技术IP、Co-IP、pull down有什么区别？

  IP（免疫沉淀）：利用抗体去特异性结合抗原（样品中的目标蛋白），以寻找或验证与抗体有相互作用的蛋白、纯化富集目的蛋白的；Co-IP（免疫共沉淀）：利用抗体去识别并结合两个相互作用的蛋白，可以验证两种已知蛋白是否存在相互作用，或者验证在样品总蛋白中是否含有与已知蛋白相互作用的未知蛋白；Pull

• • 液质联用质谱数据分析主要看哪些参数呢？

  一般主要观察可信度（Total Ion Score）和蛋白比值两个参数。 相关服务:蛋白质质谱鉴定

• • 质谱分析的蛋白可信度达到多少较好？

  一般可信度在80%以上就认为可信度较高，数据可用，可信度越高数据一般就越准确，重复性越高。相关服务:蛋白质质谱鉴定

• • 质谱可信度低于80%的数据可用吗？

  如果在这些数据中有感兴趣蛋白，可以再利用ELISA、WB、Q-PCR等进行验证。相关服务:蛋白质质谱鉴定