蛋白分析FAQ汇总

• • 哪些是在蛋白质组学分析中严格避免使用的缓冲液添加剂？

  洗涤剂，如NP-40或Triton X-100通常是有问题的且应该完全避免使用的。如果可能 ，也要避免使用甘油。金属盐（Na +、K +和磷酸盐），如氯化钠会影响电喷雾电离，因此必须在所有样品的最后一个肽清洗步骤中去除。相关服务:组学分析

• • 为什么样品中有聚乙二醇 PEG 污染？

  聚乙二醇 (PEGs) 的重污染是质谱分析中的一个大问题。它们会对您的数据产生负面影响，并且非常难以摆脱。我们观察到，PEGs 的常见来源是样品制备过程中使用的过滤器和膜，例如 0.2 或 0.45 µm 过滤器或 MWCO 过滤器。根据公司的不同，这些过滤器和膜可能会被 PEG 严重污染。

• • 我在我的蛋白质列表中看到了许多角蛋白。它们来自哪里？

  角蛋白来自皮肤或头发。它们通常存在于每个样品中，并在数据分析过程中作为“潜在污染物”被过滤掉。相关服务:蛋白分析

• • 我可以获得原始数据吗？

  是的。我们根据要求为您提供原始数据。相关服务:蛋白分析

• • 除了样本，我还需要为数据分析步骤提供什么？

  对于每个质谱分析，都需要一个蛋白质 fasta 文件。如果您使用的是非模式生物，向我们提供来自公共数据库（如 NCBI 或 uniprot）或自测序和注释的蛋白质 fasta 文件将非常有帮助。如果没有可用的，请在启动会议上告诉我们，我们可以讨论数据分析的可能选项。此外，如果您向我们提供有关

• • 基于SILAC、iTRAQ/TMT 和label-free的蛋白定量有什么区别？

  SILAC是可用于处理细胞系样本的体内标记方法；同位素标记的氨基酸可以通过细胞倍增掺入蛋白质组中。iTRAQ/TMT 是体外标记方法，可用于处理无法在体内标记的蛋白质样品。基于Label-free的定量不使用含有稳定同位素的化合物与蛋白质化学结合并对蛋白质进行标记。此外，它还以经济高效适用于

• • 如果研究的物种不是模式生物，应该怎么做？

  通过参考亲缘关系最近的模式生物，可以实现成功鉴定蛋白质。如果质谱图很好但没有鉴定结果，则表明这可能是一种全新的蛋白质。De-novo等技术可用于深度分析和鉴定。相关服务:蛋白全序列测定

• • 蛋白质定量分析需要多少蛋白质？

  50-100 µg 的蛋白质足以让我们进行蛋白质定量分析。相关服务:定量蛋白组分析

• • 应该如何准备样品？

  关于样品准备，您可以向我们提供凝胶、溶液或冻干蛋白质样品。如果您想向我们提供溶液样品并进行 MS 步骤，我们建议您使用低盐浓度且不含任何去污剂的缓冲液。相关服务:蛋白分析

• • 如何浓缩蛋白质样品？

  由于大量的样品损失，传统的蛋白质浓缩方法，如透析和膜过滤通常不适合微克级蛋白质浓缩。因此，我们建议使用蛋白质亲和浓缩的方法，蛋白质与亲和珠结合，洗涤去除盐分，用合适的洗脱缓冲液洗脱。相关服务:蛋白分析