蛋白分析FAQ汇总

• • 什么情况需要进行从头测序？

  当公共数据库中没有所测物种的基因组数据时就只能采取从头测序的方式。相关服务:从头测序

• • 什么长度的肽可以从头测序？

  含6-15个氨基酸的肽可以获得最佳序列。如果多肽的量够多的话，则较长的序列（15-20+）也是可能进行测序的。相关服务:多肽从头测序

• • 如何解释从头测序结果？

  第一个序列（Rank 0）被认为是MS质谱的最可能解释，但排名较低的序列也可能是合理的解释。进行从头序列分析后，客户必须进行BLAST（http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi）搜索，以寻找与生物相关蛋白的同源性。BLAST搜索的目的是从数据库中寻找同源

• • 从头测序需要多少样品？

  通常需要10ng-100ng纯蛋白。对于冻干或粉末样品，需要50µg样品。相关服务:从头测序

• • 从头测序可以分析低分子质量的蛋白质吗？

  对于低分子质量（<20kD）的蛋白质，可能难以进行从头测序。在这种情况下，提供大量样品将将有益于测序工作。相关服务:从头测序

• • 什么是“鸟枪蛋白质组学”或“MuDPIT”和蛋白质组图？

  它们是使用1D或2D LC-MALDI和/或LC-MS/MS同时识别系统中所有蛋白质的相同技术的替代名称。相关服务:Shotgun鸟枪法蛋白质鉴定

• • 蛋白质组图相比2D凝胶的优势？

  在LC-MALDI和LC-MS/MS中，所有蛋白质都在一个实验中进行分析和鉴定；而在2D凝胶中，每个点都必须单独切割和鉴定。相关服务:蛋白质质谱鉴定

• • 蛋白质组图分析一次可以鉴定出多少种蛋白质？

  1D LC-MALDI足以鉴定1000+个蛋白质；2D LC-MALDI足以鉴定2000+个蛋白质。相关服务:蛋白质质谱鉴定

• • iTRAQ相比2D凝胶电泳的优势？

  在使用iTRAQ的2D LC质谱中，所有蛋白质都在一次实验中进行分析、鉴定和定量；而使用2D凝胶电泳时，必须对每个斑点进行成像，测量其强度，然后切下斑点并单独鉴定。相关服务:基于标签的蛋白质定量技术-iTRAQ，TMT，SILAC

• • MS 分析所需的最少蛋白质量是多少？

  无标记定量蛋白质组学：15 µg；无标记深度分离蛋白质组学：150 µg；TMT 定量蛋白质组学：15 µg；磷酸化蛋白质组学（以及其他 PTMs）：500 µg – 1 mg；微流无标记蛋白质组学：100 µg；微流深度分离蛋白质组学：500 µg – 1 mg。0.5 – 5 µg/µl