蛋白分析FAQ汇总

• • 你们能鉴定出带有翻译后修饰 (PTM) 的特定氨基酸吗？

  可以，使用质谱可以在给定的肽序列中确定 PTM 的确切氨基酸位置。然而，这取决于光谱的质量、给定磷酸肽的检测碎片离子（无论它们是否是位点决定的）以及 PTM 类型（如果 PTM 位点确定成功且可靠）。在典型的磷酸蛋白质组学分析中，通常约 60% 的已鉴定 S、T 和 Y 磷酸化位点可以高置信

• • 你们可以通过稳定同位素标记来量化蛋白质吗？

  可以，我们可以分析含有重同位素的样品，例如通过 TMT 标记、二甲基标记、15N 标记、SILAC 标记或通过重肽或重蛋白掺入的样品。相关服务:定量蛋白组分析

• • 可以使用内部考马斯蓝染色剂吗？有首选流程吗？

  您可以使用自制染料。但请注意，乙酸和甲醇的存在会修饰蛋白质。我们建议使用市售的考马斯蓝染色剂，因为它们不含溶剂并且比传统染色剂更敏感。我们没有任何首选的商业供应商。相关服务:蛋白胶点、胶条、IP样品蛋白质鉴定

• • 你们用什么搜索引擎？

  我们使用 Mascot (Matrix Science) 进行蛋白质鉴定。蛋白质推断、分组和 FDR（false discovery rate）估计在 Proteome Discoverer 和 Scaffold 中进行。相关服务:蛋白鉴定

• • 什么数据库用于搜索？数据库是否定期更新？

  我们的默认数据库是 UniProt。作为常规策略，对于注释不佳的蛋白质组，我们同时搜索 Uniprot 的部分，即 SwissProt（策划）和 Trembl（非策划）。在两次搜索之后，每个 ID 由至少一个唯一肽支持的非冗余蛋白质列表被提交给用户。这两个数据库每个月都会更新。相关服务:蛋白

• • 什么是错误发现率 (FDR) ？

  FDR 的报告已成为强制性的。FDR 本质上是一种统计和计算方法，用于确定给定数据集中蛋白质鉴定的确定性。有几种方法，我们通常使用诱饵数据库来测量错误发现率。相关服务:蛋白分析

• • 我想用 ESI 分析蛋白质，需要多少浓度？

  当然这取决于蛋白质的性质和其他因素。告诉你一个很好的范围：微摩尔到小于毫摩尔的溶液是合理的。相关服务:蛋白分析

• • 什么是质谱仪？

  质谱仪是一种精密的测量仪器。当然，它比普通的实验室秤精确得多，但它的目的是一样的。当您用质谱仪分析某物时，您最终会得到一份质量列表，以及它们的数量指示。在现代质谱仪中，一个分子将依次遇到3个主要组成部分:离子源、质量分析器和检测器。离子源有几种类型，是分子被电离（或获得电荷）的地方。质量分析

• • 什么是串联质谱？

  术语“串联质谱”或 MS/MS ，是指质谱中的一种技术，它研究感兴趣的分子的片段而不是分子本身。在进行 MS/MS 实验时，我们使用质谱仪中的能量来分解我们想要研究的分子。其结果是得到许多更小的分子片段，我们可以用它们量化或鉴定母分子。相关服务:蛋白质质谱鉴定

• • 质谱是如何使用的？

  简明扼要地回答这个问题有点棘手，因为有很多不同的质谱分析方法。您会看到，不同的质谱技术需要不同的样品制备方案和注意事项。此外，即使我们坚持使用一种质谱技术，如 LC-MS/MS，也有几种方法可以查看您的样品。例如，如果您只想查看少数分子并获得非常精确的量化，您将必须从包含它们的基质中提取您感