蛋白分析FAQ汇总
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我们有一个 Orbitrap Lumos、一个 Orbitrap Fusion、一个 Q Exactive PLus 和两个 LTQ-Orbitrap XL 质谱仪（其中一个采用 ETD 技术），它们全都连接有nanoflow LC 系统（Agilent、Eksigent 和 Waters
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可检测任何翻译后修饰：磷酸化、甲基化、乙酰化、泛素化等。详情请联系我们。相关服务:翻译后修饰蛋白组分析
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您将有两个主要关注点： 1) 覆盖率：质谱技术能否提供高的序列覆盖率？覆盖率越高，检测和鉴定含有修饰基团的肽的统计机会就越大。2）修饰位点的占有率（化学计量）：蛋白质制剂的修饰百分比是多少？如果它很低，那么检测到修饰肽的机会就会降低。如果占有率很高，那么这有利于识别修饰位点。相关服务:翻译后
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• 如何增加磷酸化、甲基化、泛素化等位点的覆盖率？（我知道高覆盖率对于增加确定 PTM 位点的机会至关重要）
首先，请注意，由于独特的序列，每种蛋白质都有不同的潜力以高序列覆盖率被绘制。增加所有蛋白质的覆盖率：1) 从更大量的蛋白质开始进行质谱分析；2) 确保蛋白质是纯的；3) 使用多种质谱仪器/技术进行分析将增加覆盖率；4) 使用 TiO2 富集磷酸肽。相关服务:翻译后修饰蛋白组分析
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如果蛋白质的纯度和浓度很高，那么在大多数情况下，基于 质谱的蛋白质鉴定仍然是有利的。然而，连接的碳水化合物 (CHO) 链会通过以下机制削弱特定肽段的基于质谱的鉴定：1) CHO 链可以阻断胰蛋白酶切割；2) 连接的 CHO 链的可变质量会降低糖肽检测。建议：在凝胶上样和质谱分析之前，用 N
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很难笼统地说。这取决于您遇到的具体问题：您需要仅识别蛋白质还是需要有关 PTMs 的信息？您的蛋白质是纯的还是您蛋白质的肽会被复杂基质中背景蛋白质的肽所掩盖？我们可以说的是，使用nanoflow LC-MS/MS 可以在sub-femtomole水平鉴定纯肽标准品。相关服务:蛋白分析
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是的，您仍然可以使用质谱来鉴定您的蛋白质。相关服务:蛋白质质谱鉴定
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单个蛋白质免疫沉淀：该方法涉及从溶液中存在的几种其他蛋白质中分离出一种蛋白质。样本范围包括动植物细胞粗提物、体液。在单个蛋白质免疫沉淀中，目标蛋白质是已知的，并且特异性的抗体被用于分离该蛋白质。 蛋白质复合物免疫沉淀：该方法包括免疫沉淀含有抗原和相关蛋白质或与其结合的配体的复合物。蛋白质复合
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免疫沉淀可通过直接和间接方法进行。直接法：在这种方法中，珠子首先与抗体结合，然后将抗体-珠子复合物添加到蛋白质混合物中，并在 2-8°C 的温度下旋转孵育。孵育时间完全取决于靶蛋白浓度以及抗体对靶蛋白的特异性。接下来，目标蛋白通过抗体被珠子捕获，或者简单地进行免疫沉淀。抗体被固定在固相基质上
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染色质免疫沉淀被用于研究蛋白质和 DNA 之间的关系。该技术将 DNA 测序技术与免疫沉淀相结合，以识别 DNA 相关蛋白的结合位点。在 CHIP 分析期间，细胞用甲醛处理，甲醛是一种固定 DNA 与蛋白质相互作用区域的交联剂。接下来，在超声波仪或酶消化法的帮助下，细胞被裂解，染色质被分解成
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