蛋白分析FAQ汇总

• • 蛋白质鉴定实验需要多少材料？

  这取决样品类型：蛋白质提取/下拉产物，最小推荐量1 µg（可以使用更少的材料）；蛋白质确认（“纯化”蛋白质），最小推荐量50 – 250 fmol（最佳量：1 pmol）。相关服务:蛋白鉴定

• • 公司将提供什么作为蛋白质鉴定实验的结果？

  对于蛋白质鉴定实验，结果通常包括：Pdf 报告，包含使用的方案的信息和对结果的评论；Scaffold 文件，包含使用 Mascot 搜索引擎获得的所有结果。有关其他信息请参阅数据分析部分；在需要时（例如，当使用自定义数据库时）提供使用替代搜索引擎（例如PEAKS，Byonic）获得的结果。相

• • 能鉴定出蛋白质上的所有翻译后修饰 (PTMs) 吗？分析需要多少材料？

  无法对一种蛋白质的所有 PTMs 进行表征，因为它们的丰度通常很低，并且需要 PTM 特定的富集流程。此外，在数据中搜索一组不受限制的 PTM 会导致大量的假阳性鉴定。PTMs，如磷酸化、（二）甲基化、泛素化、乙酰化，如果是先前富集的样品（例如下拉），可以在没有 PTM 富集的情况下鉴定。对

• • 可以提交哪些样品来鉴定二硫键？

  只有纯化的或低复杂度的蛋白质样品才能有效地进行二硫键分析。可能需要用多种酶进行消化。推荐量：10 µg（最小推荐量：1-2 µg）。 相关服务:蛋白二硫键鉴定和定量分析

• • 公司将提供什么作为二硫键分析的结果？

  根据样本的复杂性，将通过 MALDI（Triplet Signature Pattern 的鉴定) 或 LC-MS (使用软件Byonics (Protein Metrics)) 进行分析。报告将包括 pdf 结果文件，它描述了连接的二硫肽的 MS 和 MS/MS 数据，以及 Byonics

• • 能鉴定 N 端和/或 C 端蛋白质序列吗？

  N端和C端蛋白质的鉴定取决于它们的蛋白质物理化学性质。通过 MALDI-ISD（源内片段化）对完整蛋白质的简单分析对于纯化的蛋白质可能是成功的。对于 N 端分析，实施基于 N 端标记的替代方法（例如二甲基标记）。对于N 端的大规模鉴定（例如蛋白酶底物的鉴定），我们提供TAILS方法。相关服务

• • 你们提供哪种类型的蛋白质定量？

  根据您的生物学问题，我们可以为您提供以下支持：大规模（蛋白质组范围）相对蛋白质定量；靶向蛋白质分析（分析多个样品中的几个蛋白质目标）。相关服务:定量蛋白组分析

• • 如何进行大规模蛋白质组量化？

  我们可以为您提供所有最常见的蛋白质定量方法：无标签量化（label-free quantification，又名“LFQ”，基于 MS1）；TMT 标记：适用于小型数据集（最多 16 个样本），当与蛋白质分离结合使用时，它可以实现更深的蛋白质覆盖。DIA （Data Independent

• • 为什么在进行任何量化实验之前，总是要求进行初步 QC 测试？

  使用 4 个生物重复进行初步 QC 测试将为我们提供以下信息：方案的适用性（可行性、可重复性）；期待什么（例如蛋白质的数量，...）；如何最好地设计您的实验（例如重复次数）。相关服务:定量蛋白组分析

• • 相对定量实验需要多少个重复？

  我们通常在第一次 QC 实验期间估计样本量。如果这是不可能的，我们建议每个条件至少使用 4 个重复。根据实验设计和生物学问题，这个数字可能会发生巨大变化。相关服务:定量蛋白组分析