蛋白分析FAQ汇总

• • 我的肽含有非标准氨基酸，可以测量吗？

  不可以，无法分析含有Mpr（巯基丙酰基）、Harg、Cit-citrulline、Pal（吡啶基丙氨酸）、 Cpa以及Nal（萘基丙氨酸）的氨基酸。相关服务:氨基酸组成分析

• • 应如何准备N端测序样品？

  蛋白质应电泳转移至高质量（蛋白质测序级）PVDF膜。膜应该用考马斯蓝染色，然后目标带必须肉眼可见。污点不得有任何颗粒材料。相关服务:基于Edman降解的蛋白N端序列分析

• • 为什么只能处理来自具有测序基因组的生物样本？

  我们识别质谱数据中的肽和蛋白质的方法是将获得的质谱光谱与生物体特异性蛋白质序列数据库匹配（这是一个名为“fasta”格式的理论蛋白质组数据库文件，通常可以从NCBI、RefSeq 等公共数据库下载）。我们无法检测到用于分析数据的基础蛋白质数据库（fasta 文件）中没有的任何肽和蛋白质。存在

• • 需要做多少次重复？

  黄金法则：越多越好。对我们的数据进行任何统计所需的绝对最小重复次数为 3（理想情况下是生物学重复，而不仅仅是技术重复）。但是，根据您的样本类型、您的实验工作流程或您的生物学问题，可能会出现较大或较小的变化，因此可能需要更多或更少的重复。在项目启动会议上将讨论这些问题。相关服务:组学分析

• • 可以从我的样品中获得多少蛋白质（蛋白质组）？

  这当然取决于很多因素，例如：您感兴趣的生物体（细菌还是人类？）；您的样品类型（全细胞裂解物或血浆 Co-IP？）；您的样品制备工作流程（分馏还是不分馏？）；每个样品的测量时间（30 分钟梯度还是 2 小时梯度？）。例如，对于在单次 DDA 蛋白质组学中以一小时梯度测量细菌全细胞裂解物，我们通

• • 为什么有些蛋白质没有被检测到？

  请记住，基于质谱的蛋白质组学不会检测您样品中的所有蛋白质。蛋白质会因为多种原因而逃脱检测，仅举几例：如果它们太少；如果他们不能用所用的蛋白酶产生合适的肽；如果它们只生成具有不良质谱响应因子的肽；如果它们只产生我们在数据分析中未涵盖的携带 PTM 的肽。因此，如果未检测到某蛋白质，并不意味着您

• • 我想要最好的结果——我如何将我的样品提交给你们？

  我们越来越多地尝试避免通过 SDS-PAGE 分离蛋白质。相反，我们更愿意在样品制备过程的最早阶段收到样品。如果您进行了 co-IP 实验，请将与珠子结合的蛋白质留下，然后将珠子给我们；如果您想要对您的细胞进行全面的蛋白质组覆盖，只需在 PBS 中进行最后一次广泛洗涤后将细胞沉淀给我们；如果

• • 你们的工作人员会从我的 SDS-PAGE 凝胶上切下一条蛋白质条带吗？

  是的，我们希望您提供考马斯染色凝胶，并让我们切您的泳道或条带。我们经验丰富的员工了解避免样品（角蛋白）污染的所有技巧和窍门。此外，了解凝胶的样子对于估计蛋白质总量也很重要。相关服务:蛋白胶点、胶条、IP样品蛋白质鉴定

• • 我可以从自己的凝胶上切下条带，然后给你们一片凝胶吗？

  是的，您可以。但是，我们更希望您提交完整的凝胶并在凝胶扫描上标记需要切割的条带。相关服务:蛋白胶点、胶条、IP样品蛋白质鉴定

• • 我有一个银染凝胶，能用它进行质谱分析吗？

  是的，您可以，但请注意，我们会从考马斯染色凝胶中鉴定出更多的蛋白质，即使银染凝胶上似乎有更多条带。相关服务:蛋白胶点、胶条、IP样品蛋白质鉴定