蛋白分析FAQ汇总

• • 如何使用质谱服务执行蛋白质组学服务？

  蛋白质组学或蛋白质鉴定使用与液相色谱耦合的高分辨率质谱仪（例如，Orbitrap Fusion）对来自生物样品蛋白水解产生的肽进行串联质谱（MS/MS）分析。通过蛋白质数据库搜索，从与每种蛋白质相对应的几种或多种独特肽中鉴定出蛋白质。相关服务:组学分析

• • 样品在提交时应该放在什么缓冲液中？

  我们更喜欢提交考马斯染色 SDS-PAGE 凝胶的样品。凝胶应在水中彻底脱色，并放入干净且不含角蛋白的容器中。或者，样品也可以在 Laemmli 缓冲液中提交，并将在我们提供的预制凝胶上运行。用于一维电泳的样品体积不应超过 50 µl，二维电泳最大为125µl(总蛋白不超过50 ug)。相关

• • 样品中的洗涤剂是问题吗？怎样才能去除它们？

  实验室中使用的大多数标准洗涤剂（例如：SDS、Tween、Triton 等）与下游 LC/MS 分析不兼容，因此它们不应包含在您的样品中。因此，如果在样品制备过程中不能省略它们，则必须将其去除。为此，我们建议使用“Wessel-Fluegge 方案”沉淀您的蛋白质。该方案得到的干燥蛋白质颗粒

• • 鉴定或定量需要多少蛋白质？

  一般考马斯亮蓝染色的凝胶条带鉴定成功率很高。对于复杂的样品混合物我们建议每孔最多上样 50 ug 蛋白质（总量），单个蛋白质条带最少上样 50 ng。相关服务:蛋白质质谱鉴定

• • 我可以提交银染凝胶吗？

  一般来说，银染色不是与质谱结合的最佳方法。 我们宁愿推荐使用敏感的胶体考马斯蓝染色剂。但请注意，也可以提交使用质谱兼容试剂的近期开发的银染凝胶。为此，首选 ThermoFisher Scientific 的 SilverQuest Silver 染色试剂盒。相关服务:蛋白胶点、胶条、IP样品

• • 是否推荐使用特定的一维凝胶系统或考马斯染色？

  大多数 SDS-PAGE 系统都适用于下游质谱分析。我们可以推荐 4-12% 梯度 NuPAGE Bis-Tris 预制凝胶（首选 ThermoFisher Scientific），因为它们与胶体考马斯蓝染色剂（首选 ThermoFisher Scientific 或 SERVA Quick

• • 定量有哪些可能性？

  可能性包括无标记（MaxQuant LFQ，光谱计数）、化学（例如二甲基）或代谢标记（例如 SILAC）以及使用 AQUA 肽的绝对标记。相关服务:定量蛋白组分析

• • SILAC 的第一步是什么？从哪里获得标签培养基？

  细胞同位素标记必须由您（用户）完成。所需的 SILAC 培养基可从各种供应商处获得，例如 Silantes、 ThermoFisher Scientific等。为了获得可靠的 SILAC 量化，我们强烈建议在开始任何实际实验之前检查您选择的细胞系中重氨基酸的掺入效率。请注意，我们已经成功地对

• • 你们能保证我的样品有效吗？

  不，我们不能保证质谱结果会为您提供您正在寻找的信息。但是，如果您在样品制备之前咨询我们，我们将完成所有样品制备和测量步骤，并与您讨论潜在的问题和最佳工作流程。在进行整个研究之前，我们通常会进行初步研究，以确保您的样品以正确的方式进行处理和测量，并为您提供回答特定生物学问题所需的高质量数据。相

• • 你们支持翻译后修饰 (PTM) 蛋白的分析吗？

  是的，我们已经建立了一个基于 IMAC（固相金属亲和色谱）的蛋白质组学工作流程，专门从蛋白质组学样品中富集磷酸肽。其他 PTM 类型的富集需要我们的合作者进行，但也可以由我们测量和分析。我们还分析纯化的蛋白质样品，无需额外的 PTM 富集步骤。在纯化的蛋白质样品（例如 Co-IP 样品）中无