蛋白分析FAQ汇总

• • 是否推荐使用特定的一维凝胶系统或考马斯染色？

  大多数 SDS-PAGE 系统都适用于下游质谱分析。我们可以推荐 4-12% 梯度 NuPAGE Bis-Tris 预制凝胶（首选 ThermoFisher Scientific），因为它们与胶体考马斯蓝染色剂（首选 ThermoFisher Scientific 或 SERVA Quick

• • 定量有哪些可能性？

  可能性包括无标记（MaxQuant LFQ，光谱计数）、化学（例如二甲基）或代谢标记（例如 SILAC）以及使用 AQUA 肽的绝对标记。相关服务:定量蛋白组分析

• • SILAC 的第一步是什么？从哪里获得标签培养基？

  细胞同位素标记必须由您（用户）完成。所需的 SILAC 培养基可从各种供应商处获得，例如 Silantes、 ThermoFisher Scientific等。为了获得可靠的 SILAC 量化，我们强烈建议在开始任何实际实验之前检查您选择的细胞系中重氨基酸的掺入效率。请注意，我们已经成功地对

• • 你们能保证我的样品有效吗？

  不，我们不能保证质谱结果会为您提供您正在寻找的信息。但是，如果您在样品制备之前咨询我们，我们将完成所有样品制备和测量步骤，并与您讨论潜在的问题和最佳工作流程。在进行整个研究之前，我们通常会进行初步研究，以确保您的样品以正确的方式进行处理和测量，并为您提供回答特定生物学问题所需的高质量数据。相

• • 你们支持翻译后修饰 (PTM) 蛋白的分析吗？

  是的，我们已经建立了一个基于 IMAC（固相金属亲和色谱）的蛋白质组学工作流程，专门从蛋白质组学样品中富集磷酸肽。其他 PTM 类型的富集需要我们的合作者进行，但也可以由我们测量和分析。我们还分析纯化的蛋白质样品，无需额外的 PTM 富集步骤。在纯化的蛋白质样品（例如 Co-IP 样品）中无

• • 你们能鉴定出带有翻译后修饰 (PTM) 的特定氨基酸吗？

  可以，使用质谱可以在给定的肽序列中确定 PTM 的确切氨基酸位置。然而，这取决于光谱的质量、给定磷酸肽的检测碎片离子（无论它们是否是位点决定的）以及 PTM 类型（如果 PTM 位点确定成功且可靠）。在典型的磷酸蛋白质组学分析中，通常约 60% 的已鉴定 S、T 和 Y 磷酸化位点可以高置信

• • 你们可以通过稳定同位素标记来量化蛋白质吗？

  可以，我们可以分析含有重同位素的样品，例如通过 TMT 标记、二甲基标记、15N 标记、SILAC 标记或通过重肽或重蛋白掺入的样品。相关服务:定量蛋白组分析

• • 可以使用内部考马斯蓝染色剂吗？有首选流程吗？

  您可以使用自制染料。但请注意，乙酸和甲醇的存在会修饰蛋白质。我们建议使用市售的考马斯蓝染色剂，因为它们不含溶剂并且比传统染色剂更敏感。我们没有任何首选的商业供应商。相关服务:蛋白胶点、胶条、IP样品蛋白质鉴定

• • 你们用什么搜索引擎？

  我们使用 Mascot (Matrix Science) 进行蛋白质鉴定。蛋白质推断、分组和 FDR（false discovery rate）估计在 Proteome Discoverer 和 Scaffold 中进行。相关服务:蛋白鉴定

• • 什么数据库用于搜索？数据库是否定期更新？

  我们的默认数据库是 UniProt。作为常规策略，对于注释不佳的蛋白质组，我们同时搜索 Uniprot 的部分，即 SwissProt（策划）和 Trembl（非策划）。在两次搜索之后，每个 ID 由至少一个唯一肽支持的非冗余蛋白质列表被提交给用户。这两个数据库每个月都会更新。相关服务:蛋白