蛋白分析FAQ汇总

• • 从SDS-PAGE中某些条带的凝胶内消化物中鉴定出的一些蛋白质在Shotgun蛋白质组学鉴定中找不到，可能的原因是什么？

  可能是某些蛋白的丰度较低。相关服务:Shotgun鸟枪法蛋白质鉴定

• • TIC和EIC分别代表什么？

  TIC(Total Ion Current，TIC)总离子流图是质谱检测到的经色谱分离后的所有组分的离子强度-时间谱图；EIC(Extracted Ion Chromatography)提取离子流图是在一系列质谱数据中选择特定的离子质荷比信息绘制的离子强度-时间谱图。相关服务:蛋白质质谱鉴定

• • 谱峰变宽的原因？

  1、凝胶柱本身退化；2、流动相和固定相发生了相互作用。相关服务:蛋白质纯度分析（分子筛/反相色谱）

• • 凝胶柱平衡太慢是什么原因？

  导致柱平衡慢的常见原因是，组分在流动相中对柱吸附强或者在流动相中浓度小甚至为零。相关服务:蛋白质纯度分析（分子筛/反相色谱）

• • 内标法对内标物的要求是什么？

  1、内标物的结构或理化性质应与被分析组分相似或相近；2、内标物的保留值应稍大于或小于被分析物的保留；3、内标物的峰要与所有被分析物的峰有良好的分离度（R大于1.5）；4、仪器对分析物的响应与内标基本一致。相关服务:蛋白质纯度分析（分子筛/反相色谱）

• • “无限直径效应”是什么？

  在HPLC分析时使用了高效微粒固定相及高压流动相，样品以柱塞式注入色谱柱后，因柱的阻力大，样品分子在柱中的分子扩散很小，直至它从色谱柱流出也未与色谱柱内壁接触，因而引起的色谱峰形扩展很小，能保持高柱效。相关服务:蛋白质纯度分析（分子筛/反相色谱）

• • 一级质谱和二级质谱有什么区别?什么时候做一级，什么时候做二级?

  一级质谱鉴定的方式主要指肽指纹图谱(PMF)，即利用质谱仪精确测量酶解片段的分子量并搜库比较实现蛋白质的鉴定；二级质谱是在一级质谱的基础上再选择部分肽段做进一步的破碎并对碎片进行深入分析和比较，鉴定出该肽段的序列并结合PMF的结果从而实现蛋白质的鉴定。二级质谱能够得到部分肽短的序列，具有更高

• • 质谱分析的样品不是来自模式生物怎么办？

  可以参考亲缘关系最近的模式生物做比对而实现蛋白质的成功鉴定，如果质谱图很好而没有鉴定结果说明这是一个全新的蛋白，可以采用从头测序等技术做深入分析与鉴定。相关服务:蛋白质质谱鉴定

• • 该如何判断质谱效果的好坏?

  做PMF一般得分超过60分(P<0.05)就算成功鉴定；而串联质谱，得分超过60分或者虽然没有超过60分，但是有最少一条肽段的得分超过30分就算成功鉴定。相关服务:蛋白质质谱鉴定

• • 一些特殊的质谱方法有什么用途？

  质谱的其它用途包括磷酸化位点分析、蛋白测序、混合蛋白鉴定(shotgun技术)以及分子量精确测定、二硫键位置分析等等。相关服务:蛋白质质谱鉴定