蛋白分析FAQ汇总

• • 你们能从蛋白质印迹中鉴定蛋白质吗？

  我们可以通过胰蛋白酶消化，然后进行 nanoLC-MS/MS 肽分析和数据库搜索，在从 1D SDS PAGE 中切除的凝胶带中鉴定出几种蛋白质。相关服务:蛋白胶点、胶条、IP样品蛋白质鉴定

• • 你们能鉴定一个凝胶条带中的多种蛋白质吗？

  我们可以通过胰蛋白酶消化和随后的nano LC-MS/MS 肽分析鉴定凝胶条带中的多种蛋白质。我们在UniProt数据库中搜索所有已知的蛋白质。相关服务:蛋白胶点、胶条、IP样品蛋白质鉴定

• • 我没有得到阳性蛋白质鉴定。什么地方出了错？

  这个问题可能是由几个问题引起的。也许您样品中的蛋白质不存在于 UniProt 数据库中，例如，如果蛋白质是全新的并且生物体基因组未测序。相关服务:蛋白鉴定

• • 什么是分子量测定？

  分子量或分子质量是一个分子基于其各个原子的原子质量的总质量。通过提供具有低测量误差（百万分之几，ppm）的质量测定，质谱可以精确测定分子组成。相关服务:分子量测定

• • 如何使用质谱服务进行肽图谱分析？

  肽图谱通过确定蛋白质氨基酸序列，利用内切蛋白酶（酶）产生肽，然后通过 HPLC 与质谱联用进行分析，被用于确认蛋白质一级结构。重要的是，肽图谱还可以定位翻译后修饰 (PTMs) ，包括： N-和O-糖基化 ；N端焦谷氨酸 ；乙酰化/甲酰化；C端赖氨酸剪裁；蛋白质稳定性指示修饰，包括脱酰胺和氧

• • 如何使用质谱服务执行蛋白质组学服务？

  蛋白质组学或蛋白质鉴定使用与液相色谱耦合的高分辨率质谱仪（例如，Orbitrap Fusion）对来自生物样品蛋白水解产生的肽进行串联质谱（MS/MS）分析。通过蛋白质数据库搜索，从与每种蛋白质相对应的几种或多种独特肽中鉴定出蛋白质。相关服务:组学分析

• • 样品在提交时应该放在什么缓冲液中？

  我们更喜欢提交考马斯染色 SDS-PAGE 凝胶的样品。凝胶应在水中彻底脱色，并放入干净且不含角蛋白的容器中。或者，样品也可以在 Laemmli 缓冲液中提交，并将在我们提供的预制凝胶上运行。用于一维电泳的样品体积不应超过 50 µl，二维电泳最大为125µl(总蛋白不超过50 ug)。相关

• • 样品中的洗涤剂是问题吗？怎样才能去除它们？

  实验室中使用的大多数标准洗涤剂（例如：SDS、Tween、Triton 等）与下游 LC/MS 分析不兼容，因此它们不应包含在您的样品中。因此，如果在样品制备过程中不能省略它们，则必须将其去除。为此，我们建议使用“Wessel-Fluegge 方案”沉淀您的蛋白质。该方案得到的干燥蛋白质颗粒

• • 鉴定或定量需要多少蛋白质？

  一般考马斯亮蓝染色的凝胶条带鉴定成功率很高。对于复杂的样品混合物我们建议每孔最多上样 50 ug 蛋白质（总量），单个蛋白质条带最少上样 50 ng。相关服务:蛋白质质谱鉴定

• • 我可以提交银染凝胶吗？

  一般来说，银染色不是与质谱结合的最佳方法。 我们宁愿推荐使用敏感的胶体考马斯蓝染色剂。但请注意，也可以提交使用质谱兼容试剂的近期开发的银染凝胶。为此，首选 ThermoFisher Scientific 的 SilverQuest Silver 染色试剂盒。相关服务:蛋白胶点、胶条、IP样品