蛋白分析FAQ汇总

• • 构建离子库：是否建议让每个 DDA 都以与 DIA 相同的 LC 梯度运行？如果使用iRT呢？是否需要iRT？

  为了获取最佳结果，您希望iRT测量值尽可能与实验性DIA测量值相匹配。经常使用“色谱库”方法，其中 DIA 搜索库是在相同条件下在同一列上获取的，并且与实验数据接近。这种方法总是使保留时间差得分成为一个非常有力的指标，你对实际使用的色谱进行iRT评分的距离越远，你对保留时间的预测就越难。你可

• • 用什么工具来生成 pep.xml文件？Skyline还采用哪些其他格式的文件？用PD进行搜索.msf 格式文件可以吗？

  Skyline采用了我们所接触到的所有格式，可以处理.msf 格式和.pdResult格式数据文件。 相关服务: DIA定量蛋白质组学

• • 基于生物标志物的蛋白质组学鉴定，应该选择 DDA 还是 DIA？

  对于 DDA，您可能需要TMT或MS1色谱图提取工具，如MaxQuant 或Mascot Distiller（或Skyline）。而且，您需要决定是使用需要试剂的等压标记方法（如TMT标记），还是使用色谱峰面积的无标记方法。如果是后者，那么无标记MS1方法可以更容易与无标记 DIA 进行比较

• • 构建您所选生物体的肽库（通过对源自纯细菌培养物的肽进行实验）有多重要？是否有用于派生此类库的推荐途径？

  我们建议您在获取必要的DDA搜索结果后，使用Skyline构建库，而不是使用SpectraST和工具来生成制表符分隔的“分析库”。 相关服务: DIA定量蛋白质组学

• • 三氟乙酸（TFA）是否仅用于调节缓冲液中的 pH 值？ 如果缓冲液的 pH 值允许，TFA 的浓度越低越好？

  1.三氟乙酸（TFA）可以作为离子对，浓度通常在0.05-0.1%左右。浓度过高会使溶液过酸，影响色谱柱的使用时间。 2.同时，TFA可以在硅胶表面占据硅烷醇基团，改善碱性化合物的峰形。 如果使用 0.1% TFA 有时分离效果不好，可以尝试 0.2% TFA，但使用后需要立即冲洗色谱柱。

• • 为什么选择差异凝胶电泳2D-DIGE进行定量蛋白质组学分析，而不是2D凝胶？

  在2D-DIGE（two-dimensional difference gel electrophoresis差异凝胶电泳）中，我们使用荧光染料对蛋白质进行标记，从而能够在一张凝胶中进行3个样品的测定。与传统的2D凝胶相比，2D-DIGE有许多优势： 更高的灵敏度：荧光染料的灵敏度为0.2n

• • 差异凝胶电泳2D-DIGE进行定量蛋白质组学分析的灵敏度如何？

  差异凝胶电泳2D DIGE 的灵敏度约为 0.2 ng/spot。 相关服务: 二维凝胶电泳服务

• • 差异凝胶电泳2D-DIGE进行定量蛋白质组学分析的精确度如何？

  由于极高的光斑分辨率，差异凝胶电泳2D DIGE非常准确。可以检测到小至 10% 的蛋白质表达差异。 相关服务: 二维凝胶电泳服务

• • 差异凝胶电泳2D-DIGE在进行定量蛋白质组学分析的重现性如何？

  高度可重复性：在同一凝胶上或跨不同凝胶上用不同 CyDye 标记的同一样品上可以获得相同的数据。 相关服务: 二维凝胶电泳服务

• • 差异凝胶电泳2D-DIGE进行定量蛋白质组学分析，可以检测多少个蛋白点？

  差异凝胶电泳2D DIGE 进行定量蛋白质组学分析时，如果使用 pH3-10 IPG 胶条检测 2000-5000 个蛋白质斑点。如果使用额外的 IPG 胶条，例如 pH 4-7、pH 6-9 和 pH 7-11，可以检测到超过 5000 个点。 相关服务: 二维凝胶电泳服务