蛋白分析FAQ汇总
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在质谱中，分辨率被定义为分离m/e比不同的离子束的能力。它通常计算为m/Δm，其中m是质谱中特定峰的标称质量（实际上是m/e），Δm是峰高的10%或50%处的峰宽。相关服务:蛋白质质谱鉴定
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两种最常见的高分辨率质谱仪是飞行时间（TOF）质谱仪（R~1000-10000）和基于傅立叶变换（FT）的质谱仪（R~100000-1000000）。相关服务:蛋白质质谱鉴定
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质谱的一种常见形式是飞行时间（TOF）质谱。在这种技术中，物质的粒子被电离形成1+离子，这些离子被加速，因此它们都具有相同的动能。然后使用行进固定距离所花的时间来计算样品中每个离子的质量。相关服务:蛋白质质谱鉴定
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所有质谱仪都在非常低的压力（高真空）下工作。这减少了离子与质量分析仪中其他分子碰撞的机会。任何碰撞都可能导致离子发生反应、中和、散射或碎裂。所有这些过程都会干扰质谱。相关服务:蛋白质质谱鉴定
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尽管质谱法是用于识别分子的最灵敏的方法之一，但它不适用于区分结构异构体，结构异构体是具有相同质量的化学性质不同的实体。相关服务:蛋白质质谱鉴定
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质谱法提供了有关分子化合物结构，包括其同位素的有价值的信息。因为质谱法确定碎片的重量，所以天然具有重同位素的原子就变得很重要。相关服务:蛋白质质谱鉴定
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单位质量：在单位质量或标准质量中，质量通常精确到Da的十分之几以内，标记为低分辨率的质谱仪通常提供单位质量。精确质量：在精确或准确的质量测量中，使用内部或外部校准的高分辨率质谱仪将质量精确地确定到小数点后四位，从而为化合物的鉴定提供更高的确定性。为了得到精确质量，必须首先通过单位质量分析来验
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在Pull-down实验中使用NP-40等聚合物物质长期以来一直是与LC-MS分析相结合的一个大问题。聚合物电离非常好，会干扰色谱分离和肽的电离。我们建议避免在实验中使用NP-40。相关服务:GST pull-down蛋白相互作用分析
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• 在MaxQuant文件中列出的蛋白质特定亚型是唯一被鉴定的亚型吗？
一般报告里给出的是每个蛋白质组的第一个蛋白质。如果要确认其是否是唯一被鉴定的亚型，必须检查MQ_RAW选项卡或MaxQuant“蛋白质组.txt”输出文件，您将看到为一个蛋白质组列出的所有蛋白质。如果一个组列出了多种蛋白质，这意味着所有这些蛋白质都可能存在于样品中，但是无法检测到蛋白质特异性
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将肽冻干或快速抽吸至固体形态，以提高装运期间肽的稳定性。或者，冷冻样品或将其冷藏至4℃，以便冷运液体样品。最小样品量：5-50微克。避免使用洗涤剂、DMSO、甘油和其他非挥发性溶剂。将缓冲液浓度保持在最低水平，因为高盐量会干扰MS中的电离。LC-ESI MS有时可以用于含有少量盐或尿素的样品
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