蛋白分析FAQ汇总

• • 如何克服蛋白质不同交互属性的问题？

  许多蛋白质是“社会性”的，并且在称为蛋白质复合物的组中相互作用。其他一些合作伙伴相当“非社交”，只有有限的交流（例如信号转导途径），并且仅参与短暂的相互作用（即容易形成和破坏的蛋白质相互作用）。 可以使用交联剂（例如甲醛）的作用将相互作用蛋的白质“粘合”在一起。 例如，您可以在蛋白质提取物中

• • 如何从血液、尿液和组织等生物基质中提取、分离和浓缩极性化合物？

  对于生物基制中极性化合物的提取和分离，建议采用亲水作用色谱(HILIC)方法。相关服务:样品处理

• • 如果设备鉴定出的替代肽对您的蛋白质的特异性不高怎么办？

  在进行任何“wet work”之前，我们总是进行计算机分析并确定各种消化产生的潜在肽的特异性。如果它们符合我们的标准，我们就会针对这些替代肽。如果不能产生合适的替代肽，那么我们将使用替代检测平台。相关服务:蛋白质鉴定

• • 什么是蛋白质推断？

  当针对肽序列数据库搜索MS / MS谱时，在大多数情况下，匹配的肽并不是单个蛋白质所独有的。然而，我们通常想知道样品中存在哪些蛋白质。因此，我们面临着蛋白质推断的挑战：给定一组肽匹配，我们认为样品中存在哪些蛋白质？ 通常的方法基于“简约原则”。我们报告了解释观察到的肽匹配的最小蛋白质集。如果

• • 分析报告中的独特肽（unique peptides）是什么意思？

  ‘unique peptides’反映了由列出的主蛋白所代表的蛋白质组所特有的肽序列的数量。这些肽不存在于任何其他不同组的蛋白质中。主蛋白中包含了所有列出的特异性肽，此蛋白组中的其他蛋白质可能仅包含特异性肽的其中一个子集。相关服务:生物信息学分析

• • 什么是肽谱匹配（PSM）？

  肽谱匹配（PSM)是与给定蛋白质的肽序列匹配的MS/MS谱的数量。对于高丰度肽，通常匹配到多个谱图，因而PSM值很可能高于所鉴定出肽的数量。PSM可作为一种无标记的半定量（光谱计数）方法，同时PSM也间接反映了对应多肽的丰度。相关服务:生物信息学分析

• • 什么是不完全酶解位点数目(Missed cleavages)？

  Missed cleavages指酶未切割的肽序列中切割位点的数量。这个值排除了氨基酸（例如Pro）抑制切割酶（例如胰蛋白酶）的情况。 作为蛋白质酶消化效率和再现性的质量控制，我们还报告了错过的蛋白水解切割位点的数量。通常在生物信息学检索工具会在胰蛋白酶消化蛋白组之后，会多考虑2个遗漏蛋白裂

• • 什么是质谱阿曼达分数(Amanda Score)？

  Amanda score是每个肽谱匹配（PSM）的一个概率性的搜索引擎识别分数，Amanda score使用的是基于概率的评分。因而可以使用一个简单的概率规则来判断一个谱图结果，Amanda score值越高，对应的谱图鉴别概率就越高。为了满足高质量标准，我们为 Amanda 评分设定了 1

• • 可以鉴定哪些修饰？

  我们经常研究的翻译后修饰（PTMs），主要包括磷酸化（S，T，Y）、乙酰化（K）、泛素化（K）、甲基化（K，R）、二甲基化（K，R）和三甲基化（K）修饰。此外，我们寻找可能在样品制备过程中引入的修饰，如通过半胱氨酸二硫键的还原和烷基化产生的氧化（M）修饰和氨基甲基化（C）修饰。此外，我们还可

• • 映射 PTM 站点有哪些顾虑？

  目标蛋白质的序列覆盖率越高，检测和鉴定携带有修饰基团的肽的统计概论就越大。PTMs通常以亚化学计量方式计算得出，这意味着如果某个修饰的位点占有率低，则检测到修饰肽的概论随之也随之降低。相关服务:翻译后修饰