蛋白分析FAQ汇总

• • 凝胶电泳应该使用什么类型的凝胶？

  许多类型的聚丙烯酰胺凝胶都与 MS 分析兼容，包括传统的 Tris-Glycine 凝胶，或许多品牌的市售预制凝胶，例如 Novax NuPAGE Bis-Tris 和 Tris-Acetate 凝胶。对于蛋白质鉴定，我们没有观察到凝胶或梯度凝胶的不同百分比或凝胶厚度不同导致的任何显著影响。

• • 应该使用哪种凝胶染色方法？

  凝胶可以通过许多不同的方法进行染色，包括考马斯亮蓝染色、胶体考马斯染色、铜染色、锌染色、荧光染料染色和银染色。传统的银染色与质谱分析不兼容，但一些改进的银染色程序消除了基于戊二醛的敏化剂的使用，声称与质谱分析更兼容。有几种市售的银染试剂盒都声称与 质谱兼容。然而，根据我们的经验，“质谱兼容”

• • 我在已鉴定蛋白质的结果列表中看到了很多角蛋白，它们来自哪里？

  角蛋白和抗菌肽类等污染物通常来自人为污染，主要在样品制备、染色或切割过程中所致。它们可能来自空气、皮肤或衣服。除了实验中使用的生物分类数据库外，我们还定期搜索已知污染物的列表，并在已鉴定蛋白质的最终结果列表中突出显示它们。相关服务:蛋白质鉴定

• • 肽检测限是多少？在典型的蛋白质组学分析中可以检测到多少种蛋白质？

  没有一个通用的数字可回答这个问题。可检测蛋白质的数量取决于样品的复杂性、蛋白质浓度的动态范围、可用材料和使用的 LC-MS 仪器等因素。单次质谱运行中可检测的蛋白质范围可以从几个蛋白质到几百或上千个不等。 当前最先进的质谱仪的一般检测极限在亚飞摩尔（sub-femtomol）和阿托摩尔（at

• • 是否可以区分质量小数区域不同的修饰？

  是的，使用当前的高质量高准确度质谱仪，可以轻松区分在较小质量范围内不同的修饰，例如乙酰化修饰和三甲基化修饰，它们的质量仅相差0.04 Da。相关服务:蛋白质翻译后修饰

• • 我在已鉴定蛋白质列表中找不到目标蛋白，这是否意味着它不存在于样本中？

  很难证明蛋白质绝对不存在于样品中，而仅仅是没有检测到。未能检测到蛋白质可能是因为质量/浓度低或因为它被丰度更高的蛋白质所掩盖。您的目标蛋白质的肽段也有可能无法被唯一定位，因而使您目标蛋白的密切同源物反而会显示在列表中。相关服务:蛋白质鉴定

• • 我在质谱结果中发现了一些可能的相互作用物（目标蛋白质复合物的潜在组分或目标蛋白的结合体），接下来需要做什么来确认这些蛋白质？

  下一步最好是开展重复性实验，确认我们是否可以重复地确认得到初始结果。需要一式三份（用于实验和控制条件）以获得良好的统计基础并计算倍数变化和相关的p值。为了更好地区分真正的相互作用物和背景蛋白质，这些值可以可视化为火山图进一步分析。相关服务:蛋白质相互作用分析

• • 如何评估数据的质量？

  我们监控 LC 和质谱仪的多个参数，定期校准仪器，在样品运行之前、之后和运行过程中执行质量控制运行，并在样品运行之前、之后和运行过程中另外引入洗脱步骤以避免残留效应。在我们提供的质谱xlsm格式结果文件中，有一个名为“Quality Control”的选项卡，其中显示了几个参数，例如质量偏差

• • 如果我找不到您发送给我的质谱结果文件，该怎么办？

  我们将所有结果文件存储在安全服务器上，我们可以随时访问数据。 因此，如果您再也找不到您的质谱结果，请联系我们，我们将向您发送原始结果文件的另一份副本。相关服务:生物信息学分析

• • 原始数据也可以访问吗？

  我们将所有原始数据文件存储在安全的服务器上，我们可以随时访问。 因此，如果您希望自己拥有原始数据或将其提供给期刊，因为编辑出于透明度的原因要求提供原始数据，请联系我们，我们将向您发送原始原始数据文件的副本。相关服务:生物信息学分析