什么是蛋白质推断？

当针对肽序列数据库搜索MS / MS谱时，在大多数情况下，匹配的肽并不是单个蛋白质所独有的。然而，我们通常想知道样品中存在哪些蛋白质。因此，我们面临着蛋白质推断的挑战：给定一组肽匹配，我们认为样品中存在哪些蛋白质？通常的方法基于“简约原则”。我们报告了解释观察到的肽匹配的最小蛋白质集。如果我们有四个肽匹配，其中两个发生在蛋白A中，两个发生在蛋白B中，但所有四个都存在于蛋白C中，我们则认为蛋白C已被鉴定。蛋白质A和B可能被列为“子集”蛋白质。我们的样品完全有可能实际上含有蛋白质A和B的混合物，但没有证据能证明这一点。

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