蛋白分析FAQ汇总
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气质即气相色谱-质谱联用（GC-MS),液质即气相色谱-质谱联用(LC-MS),二者在分离手段、真空系统和电离方式方面都不同：气质采用气相色谱分离，液质液相色谱分离；气质的真空系统比较简单，而液质的相对复杂；气质的电离方式主要有电子电离和化学电离，液质的电离方式主要有电喷雾电离、大气压化学电
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• 电喷雾电离(ESI)和大气压化学电离(APCI)有什么区别？
1、电离方式不同：APCI利用电晕放电气相离子化；ESI利用离子蒸发液相离子化。2、适合分析的化合物不同：APCI适合弱极性，小分子化合物，且具有一定的挥发性；ESI 极性化合物和生物大分子。3、二者流速不同：ESI一般流速较小，APCI 相对较大。4、产生的电荷数不同：APCI不能生成一系
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CID-碰撞诱导解离，是一级质谱解离方式，通常在真空接口处调节电压发生CID现象。CAD-碰撞活化解离是二级质谱解离方法，选定的母离子被碰撞活化产生子离子的过程。相关服务:蛋白质质谱鉴定
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串联质谱是以母离子二级质谱产生的碎片峰（子离子）进行定量的。相关服务:蛋白质质谱鉴定
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用胰蛋白酶将蛋白质消化成肽段，然后将每个肽段电离并在质谱仪中单独分析。该过程通过断开氨基酸将每个肽段进行片段化，并使用 Mascot 搜索算法将得到的片段光谱与数据库进行比较，以寻找相同的氨基酸序列。这个过程可以鉴定已知的蛋白质，或密切相关的蛋白质。 注意：对于无法通过自动数据库分析鉴定的样
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PCT提取蛋白对温度没有特殊要求，辅助样本裂解和酶解基本是在室温或者30℃的温度下进行的。相关服务:PCT-DIA蛋白质组学
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不是的，细胞样本、石蜡组织穿刺样本、新鲜组织/临床活体穿刺组织、石蜡组织切片/甲醛固定组织切片等样品都可以做PCT-DIA分析。相关服务:PCT-DIA蛋白质组学
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• iTRAQ和Label-free所用的搜库软件是一样的吗？
二者使用的数据库软件不同，iTRAQ一般使用Mascot（2.3.0）进行检索；Label-free则是使用Maxquant（1.4.1.2）进行检索。相关服务:定量蛋白组分析
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翻译后修饰蛋白质组数据库主要有SysPTM（http://lifecenter.sgst.cn/SysPTM/）、PhosSNP（http://phossnp.biocuckoo.org）、hUbiquitome（http://bioinfo.bjmu.edu.cn/hubi/）、CPLA（
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百泰派克采用胰蛋白酶（Trypsin）、糜蛋白酶（Chymotrypsin）、天冬氨酸蛋白酶（Asp-N）、谷氨酸蛋白酶（Glu-C）和赖氨酸蛋白酶（Lys-C、Lys-N）等进行多重酶解。相关服务:蛋白质质谱鉴定
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