蛋白分析FAQ汇总

• • 如何进行大规模蛋白质组量化？

  我们可以为您提供所有最常见的蛋白质定量方法：无标签量化（label-free quantification，又名“LFQ”，基于 MS1）；TMT 标记：适用于小型数据集（最多 16 个样本），当与蛋白质分离结合使用时，它可以实现更深的蛋白质覆盖。DIA （Data Independent

• • 为什么在进行任何量化实验之前，总是要求进行初步 QC 测试？

  使用 4 个生物重复进行初步 QC 测试将为我们提供以下信息：方案的适用性（可行性、可重复性）；期待什么（例如蛋白质的数量，...）；如何最好地设计您的实验（例如重复次数）。相关服务:定量蛋白组分析

• • 相对定量实验需要多少个重复？

  我们通常在第一次 QC 实验期间估计样本量。如果这是不可能的，我们建议每个条件至少使用 4 个重复。根据实验设计和生物学问题，这个数字可能会发生巨大变化。相关服务:定量蛋白组分析

• • 应该如何准备样品以进行无标记定量分析 (LFQ)？

  请在计划任何类型的 LFQ 实验之前联系我们。理想的起始材料是 25 - 50 ug 浓度为 0.2 - 1 ug/ul 的蛋白质，但我们可以使用 1 - 2 ug 和更低的浓度。缓冲液不应含有去污剂。相关服务:基于Label Free的定量蛋白组分析

• • 哪种染色方法比较好？

  考马斯亮蓝染色是首选。银染也可以，但鉴定成功率稍低，使用串联质谱法鉴定银染蛋白可以大大提高鉴定成功率。

• • 凝胶可以长期保存吗？如何保存？会不会影响鉴定效果？

  如果凝胶要保存超过一个月，应该用保鲜膜包裹并保存在冰箱中。如果小于1个月，可以在室温下保存，不会影响质谱分析。

• • 质谱的凝胶蛋白点怎么取？有什么注意事项吗？

  取凝胶蛋白点时，将0.2ml枪头的尖端剪断，用其取出凝胶并转移到0.5ml离心管中。用水冲洗珠子两到三次，然后吸干管子。保持所有防潮密封件就位并做好标记。离心管最好选用进口离心管，避免塑料污染。最好使用去离子水或双蒸水。带上口罩和手套以防止角蛋白污染。

• • 凝胶可以长期保存吗？如何储存和运输？

  蛋白凝胶可以长期保存，不影响质谱鉴定。一般来说，如果是一两周内，最好用保鲜膜包好并存放在4度冰箱。若保存时间超过1个月，可将蛋白点取出置于-20℃或-80℃冰箱中，不影响后续质谱鉴定。在运输蛋白凝胶点时，可以常温运输，三到五天不会有太大影响。

• • 一级质谱和二级质谱如何选择？

  一级质谱鉴定方法通常称为肽质量指纹 （peptide mass fingerprinting，PMF）。二级质谱鉴定方法通常称为串联质谱。早期的蛋白质鉴定，考虑到成本，已测序生物的蛋白质鉴定一般可以用一级质谱仪完成，而未测序生物往往选择二级质谱。但现在，二级质谱仪的价格也大大降低，与一级质谱

• • 质谱的一般流程是什么，企业可以提供哪些数据？

  质谱鉴定主要包括三个步骤：蛋白质水解、质谱数据采集、库检索。每个蛋白点的鉴定，一般提供三类数据，包括：质谱图（PDF格式，包括1张一级质谱和5-10张二级质谱）、质谱峰列表（文本格式，主要是部分MS碎片信息）和检索结果（自建库本地化搜索一般为PDF格式或excel格式；Mascot在线搜索一