代谢组学FAQ汇总

• • 2D Blue Native/SDS-PAGE复合物分析中，marker用什么呢？

  在2D Blue Native/SDS-PAGE复合物分析中，首先通过Blue Native PAGE (BN-PAGE) 分离蛋白质复合物，然后在第二维使用SDS-PAGE分离复合物中的单个蛋白质。因此，可能需要两种类型的标记物：一种用于BN-PAGE，另一种用于SDS-PAGE。 1.

• • 未知代谢物鉴定中，代谢组学下机数据怎样对聚合物进行注释呢？

  下机数据的注释过程大致可以分为以下几个步骤： 1.数据预处理： 首先需要对下机数据进行质量控制、峰值检测和峰值对齐等预处理步骤，以便提取有用的信号并减少背景噪声。 2.特征检测： 通过软件工具识别出代谢特征，即在质谱图中检测到的独立的质荷比（m/z）和保留时间（RT）对。 3.质谱数据

• • KEGG差异代谢产物通路分析中，在哪查详细代谢通路信息来明确筛出的通路和研究目的的相关性？KEGG网站有文字描述代谢通路信息吗?

  在KEGG差异代谢产物通路分析中，想要查询具体代谢通路的详细信息，可以直接访问KEGG数据库的官方网站。http://www.kegg.jp/ 或 https://www.genome.jp/kegg/ 然后使用搜索框输入你关注的代谢通路的名称或KEGG ID。浏览搜索结果，点击你感兴趣的通

• • 粪便在-80°C冷冻3年，能检测肠菌吗? 放置太久会不会影响结果? 血清也冻存了3年，对非靶向代谢物检测有无影响?

  1、粪便样本冻存用于肠道菌群分析： 冻存粪便样本在 -80°C 是微生物研究中的标准做法，可以很好地保留样本中的细菌DNA，使其适合于后续的肠道菌群分析。尽管样本被冻存了3年，但在这种低温下，DNA的降解速度非常慢，仍然可以进行肠道菌群的检测和分析。然而，长时间的冻存可能会影响样本中

• • 测硫醇的过程中为什么要加入盐酸胍？

  在测定硫醇的过程中加入盐酸胍（hydroxylamine hydrochloride）主要是为了消除硝酸盐对分析结果的干扰。硝酸盐在某些情况下可以氧化硫醇，导致分析结果偏低。盐酸胍可以与硝酸盐反应，将其还原为氮气和水，从而防止硫醇被氧化，确保测定结果的准确性和可靠性。 百泰派克生物科技&m

• • 怎么通过感兴趣的通路做WGCNA图并找到其中的关键基因？

  一、数据准备: 首先，需要有一组高质量的基因表达数据，通常是来自RNA-seq或微阵列实验的数据。 二、数据预处理: 对数据进行标准化处理，去除批次效应（如果有的话），并筛选掉表达量极低的基因。 三、选择感兴趣的通路: 根据你的研究目标，从已知的生物信息数据库（如KEGG, Reacto

• • PLS-DA/OPLS-DA二维图的q2是负数，可以通过哪些参数进行调试呢？

  PLS-DA（Partial Least Squares Discriminant Analysis）和OPLS-DA（Orthogonal Partial Least Squares Discriminant Analysis）中的 Q2 值为负数通常表示模型的预测能力不佳。Q2值是一种交

• • 多糖纯度应该怎么计算？

  多糖的纯度计算通常依赖于特定的分析技术，如高效液相色谱（HPLC）或凝胶渗透色谱（GPC），不同的分析方法可能需要不同的计算方式，这里介绍一种基于色谱技术的纯度计算方法：   1.样品制备与分析： 首先，将多糖样品通过适当的色谱系统进行分析。   2.峰面积计算： 在色

• • 怎么通过多糖部分酸水解知道末端，侧链，支链，主链？

  单纯通过酸水解方法确定多糖的末端、侧链、支链和主链结构是比较有限的。酸水解主要用于将多糖分解成较小的片段，但仅凭这一步骤很难获得关于多糖精确结构的详细信息，通常需要结合使用更高级的分析技术，例如，质谱可以提供关于分子量和组成的信息，而NMR可以提供关于糖残基排列和连接方式的详细信息。 百泰

• • 请问多糖部分酸水解的袋内袋外里面都是什么？

  多糖部分酸水解的过程是将多糖（如淀粉、纤维素等）在酸性条件下部分分解成较小的分子。在这种情况下，多糖样本被放在一个透析袋或类似的容器中。然后，这个袋子被浸泡在含有酸的溶液中。酸通过袋子的膜部分分解多糖，产生较小的糖分子。这些小分子可能通过膜移动到袋外的溶液中。 在袋内部，多糖部分酸水解可能