DIA做交替采集时，是先把所有窗口的一级全采完，再到高碰撞能去采所有窗口的二级，还是一级二级，一级二级....这样采集呢？
在数据独立采集的过程中，通常是先采集所有设定窗口的一级质谱（MS1），然后再采集所有窗口的二级质谱（MS2）。这个过程是按照窗口依次进行的，而不是交替进行一级和二级质谱的采集：
具体来说，流程通常是这样的：
1.一级质谱采集：
首先，进行一级质谱的全扫描，覆盖整个质量范围。
2.二级质谱采集：
完成一级质谱扫描后，接着对每个设定的窗口进行二级质谱（MS2）的采集。这个过程中，每个窗口的前体离子被选择并进行碰撞诱导解离（CID）或其他碰撞方式，然后采集产生的碎片离子的质谱。
3.窗口依次进行：
在二级质谱采集中，通常是依次对每个窗口进行扫描，直到所有窗口都被扫描过。
整个过程可以根据需要重复进行，以提高数据的覆盖度和准确度。
在DIA方法中，一级和二级质谱的采集是分开进行的，而不是交替进行。这样做的目的是为了最大限度地覆盖和识别尽可能多的前体离子及其对应的碎片离子。
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