蛋白分析FAQ汇总

• • 蛋白质谱Top-down 和 bottom-up的分析方法本质上有什么不同？

  质谱技术是蛋白质组学（proteomics）研究中的关键技术。在蛋白质质谱领域，主要有两种分析策略：Top-down（自上而下）和Bottom-up（自下而上）。这两种方法在处理和分析蛋白质样品时有本质上的不同。

• • 如何分析MHC分子呈递肽的氨基酸序列?

  MHC（主要组织兼容性复合物）分子是一类在免疫系统中起关键作用的分子，能够呈递抗原肽片段，使得T细胞可以识别和清除感染或异物。要获取并分析这些呈递短肽的具体氨基酸序列，可以采用以下步骤：

• • 只比较肿瘤和正常组织的HLA结合肽能否确定候选新抗原?

  通过比较肿瘤和正常组织的HLA结合肽（人类白细胞抗原结合肽），可以一定程度上确定候选新抗原。然而，这种方法并非绝对可靠，因为仅依赖HLA结合肽差异可能会漏掉一些潜在的抗原。建议通过以下方法来进一步确定候选新抗原：

• • 这个磷酸化分析，可以分析到什么程度呢，哪些蛋白磷酸化发生了变化吗？

  乙酰化定量蛋白组研究主要关注乙酰化修饰，而磷酸化分析则关注磷酸化修饰。磷酸化分析可以通过不同的实验方法和技术来实现，包括质谱、免疫印迹等。磷酸化分析的深度和准确度取决于实验方法和技术的优劣。质谱技术，尤其是液相色谱串联质谱（LC-MS/MS），在磷酸化定量蛋白质组学研究中具有很高的准确性和敏

• • 蛋白分析：蛋白wb表达，可以用qpcr验证吗？

  蛋白质的Western Blot（WB）表达和qPCR（quantitative polymerase chain reaction，定量聚合酶链反应）技术实际上分析的是不同层面的生物信息。Western Blot主要用于检测蛋白质的表达水平，而qPCR用于检测基因的mRNA表达水平。尽管它

• • 看蛋白修饰算CO-IP吗？需要用triton100吗？

  CO-IP (Co-immunoprecipitation)是一种常用的蛋白质相互作用研究技术，通过特异性抗体识别目标蛋白并将其与相互作用蛋白共同沉淀下来，从而研究它们之间的相互作用关系。CO-IP并不是一种特定的蛋白修饰分析方法，而是一种用于分析蛋白质相互作用的实验方法。如果您想要分析特定

• • PLS-DA/OPLS-DA二维图：请问这个是做什么用的?

  PLS-DA和OPLS-DA都是用于多元数据分析的方法，常用于生物医学领域中的代谢组学、蛋白质组学等高通量数据分析中。PLS-DA和OPLS-DA可以将高维数据降维至二维或三维，从而可视化展示样本间的差异。其中PLS-DA是基于偏最小二乘回归的方法，主要用于分析连续型响应变量与多个预测变量之

• • 差异表达蛋白质统计分析：怎么知道最显著的是哪个的?

  在差异表达蛋白质统计分析中，通常会使用一些统计方法来对不同样品之间的蛋白质表达水平进行比较，并确定显著差异的蛋白质。其中，常用的统计方法包括t检验、方差分析（ANOVA）、Wilcoxon等。这些方法都可以计算出每个蛋白质的显著性水平（P值），P值越小，表示差异越显著。一般来说，我们会把 P

• • PLS-DA/OPLS-DA二维图：它这个做完怎么看RMSECV值呢？

  在做完 PLS-DA/OPLS-DA 的二维图后，可以使用相关的软件对模型进行评估，例如 SIMCA、MetaboAnalyst 等等。在 SIMCA 软件中，可以在左侧的 Results 面板中找到 RMSECV 值，该值表示模型在交叉验证过程中的平均误差。通常，RMSECV 值越小，模型

• • 蛋白质圆二色谱分析：如果在测试过程中吸收强度大于2的话测试结果有用吗？

  在蛋白质圆二色谱分析中，吸收强度大于2通常是指峰值的CD吸收值大于2，这通常被认为是强信号。因此，通常认为，如果蛋白质在给定波长处的CD吸收强度大于2，则该波长处存在可检测到的CD信号。然而，强信号也可能伴随着一些问题和限制。一方面，强信号可能会对谱图中一些峰的分辨率产生影响。在这种情况下，