label free蛋白组学质谱的原理是什么？

Label-free定量蛋白组学是一种基于质谱的蛋白质定量方法，不需要对蛋白质或肽段进行化学标记。与同位素标记方法（如iTRAQ、TMT和SILAC）相比，label-free方法具有操作简便、成本较低、适用样品范围广等优点。




Label-free蛋白组学质谱主要依据两种定量策略：基于肽段强度的定量和基于肽段谱计数的定量。




1.基于肽段强度的定量（Intensity-based quantification）：

在这种策略中，肽段的丰度通过其在质谱中的信号强度（即离子强度）来估算。实验中，通过对不同样品进行液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS）分析，比较相同肽段在不同样品中的信号强度，从而实现蛋白质定量。为提高定量准确性，通常需要对肽段强度进行归一化处理，如总离子强度归一化或内标归一化等。




2.基于肽段谱计数的定量（Spectral counting-based quantification）：

在这种策略中，肽段的丰度通过其在质谱中的谱计数（即匹配肽段的谱图数量）来估算。实验中，通过统计不同样品中相同肽段的谱计数，实现蛋白质定量。谱计数定量方法需要对数据进行归一化处理，如NSAF（Normalized Spectral Abundance Factor）等。




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